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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 动植物 » 综合其他 » 【求助/交流】ssh文库构建问题请教
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cfind

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】ssh文库构建问题请教 已有1人参与

请教一下，想建立一个两种果实（成熟期有差异）的SSH文库，如果用果肉和果皮混合起来建，则两者的量都很微弱，那些表达量低的基因可能检测不出来；而如果只用果肉建，则果皮中的的信息会丢失，请教一下，如何权衡较好？
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1楼 2009-12-26 21:14:57
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guyue2885

银虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
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amisking(金币+3,VIP+0): 12-26 22:46
感觉得分开做吧，你想建立SSH文库，果肉和果皮应该本身就有差异性表达基因~~你混合了最后得到的是在Tester中果肉、果皮中表达的而在Driver中没表达的基因片段，这样最后结论就不好说了吧~~分开做  针对性更好吧
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2楼2009-12-26 22:44:15
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thinka

铜虫 (著名写手)
★
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引用回帖:
Originally posted by guyue2885 at 2009-12-26 22:44:
感觉得分开做吧，你想建立SSH文库，果肉和果皮应该本身就有差异性表达基因~~你混合了最后得到的是在Tester中果肉、果皮中表达的而在Driver中没表达的基因片段，这样最后结论就不好说了吧~~分开做  针对性更好吧

首先不知道你是什么果实,你的果肉和果皮能分的很好不会相互污染么?如果不可以至能一起做了.

其实你说的量的问题我觉得是没必要的,分别提出来测下浓度,在起始的时候调一下量就行了.

搞清楚你起始的材料是RNA的量而不是你果皮果肉的量
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3楼2009-12-27 10:07:08
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ljwei_163

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
尽量分开做吧，这样能解释的更好。得到的差异信息也可以更好的把握来源。
建库之前材料的选择和取材的方法这些准备也很重要。
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4楼2009-12-27 10:30:33
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clare420

新虫 (小有名气)
★
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分开做，因为你不能保证果肉和果皮中mRNA的量，会给你的实验带来误差。
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5楼2010-04-23 08:55:15
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