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hzdtctc

新虫 (初入文坛)

[求助] TRFLP峰与文库预期不一致的问题

得到t-rflp结果后,发现峰和用文库预期的峰有6bp的差异,如果是系统误差应该没有这么大,所有实验得到的峰都比预期小6bp左右,请问有人遇到过同样的问题吗,内标(我已经检查过没有问题)?要解决倒是很简单,把峰右移就行了,因为两个峰的差值和预期还是一致的,所以还是能够说明得到的峰是预期的那个微生物种群。但是峰差6bp的原因是什么呢?

比如在图中两个峰显示的是316.6和618.9;但是我通过文库预期的是321和625,为什么会有这种差异呢?
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hzdtctc

新虫 (初入文坛)

自己顶...

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2楼2012-04-05 09:19:23
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hzdtctc

新虫 (初入文坛)

还是没有人么~

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
3楼2012-04-06 11:51:13
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hzdtctc

新虫 (初入文坛)

真没人知道么 再顶顶~

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2012-04-10 09:14:25
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j2

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你这个是用纯菌种得到的结果?
哪个是哪个?
两个峰间的差值一致是什么意思?TRFLP的峰值不用算差值吧。。。
修炼ing,当虫仙……
5楼2012-04-10 19:31:48
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hzdtctc

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by j2 at 2012-04-10 19:31:48:
你这个是用纯菌种得到的结果?
哪个是哪个?
两个峰间的差值一致是什么意思?TRFLP的峰值不用算差值吧。。。

不是纯菌种呢,是环境中DNA直接用古菌16s带荧光的通用引物P的,所以里面是很多古菌的样本。比如对应文库分析的结果,我预期Thermoplasmales是325bp,Methanimicrococcus blatticola是625bp,但是invitrogen的STR做出来分别是316和618,和文库分析差了6bp,公司认为这不是机器的误差。我还考虑过是不是可能FAM标记引物后会带来这个误差,但是别人的文献中没有报道类似的问题。所以想看看大家做过的在数据处理上没有碰到过这种问题。
6楼2012-04-11 10:27:44
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j2

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

你不妨用个纯菌种试试,和文库的数据差距有多大。
我做的是肠道细菌,没有这么大的差距。只有一株没找到对应的菌种。。。
修炼ing,当虫仙……
7楼2012-04-11 10:34:43
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jerryzyy

金虫 (小有名气)

你好,我也在做这个,我想问一下你,你的条带数一般都是几个,就是那个size一张图里有几个啊,我的送公司两次了,多的也只有17条,关于你的那个问题我不知道现在解决了没有,我看文献说如果条带大小大于300的话,误差可以是+—3bp,不会有那么大的误差好像。求交流!
8楼2012-12-17 09:45:17
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kiruwa

专家顾问 (职业作家)

我一般会出现三到四个碱基的误差,六个也在允许范围之内.有的时候,DNA的空间叠加构型会导致误差的出现.
请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
9楼2013-09-17 00:38:24
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hzdtctc

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by kiruwa at 2013-09-17 00:38:24
我一般会出现三到四个碱基的误差,六个也在允许范围之内.有的时候,DNA的空间叠加构型会导致误差的出现.

陈贴了,居然还有更新~多谢多谢
10楼2013-09-22 23:00:37
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