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微笑生活

铜虫 (小有名气)

[求助] 请教构建系统发生树的一些问题

请问构建系统发生树时,若节点支持率很低怎么办?另外,能不能只取各个物种中相同的某一段序列进行构树,若有高手,请不吝赐教,谢谢!
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疯狂修行者

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
微笑生活(金币+5): 谢谢 2011-05-11 10:46:13
lstt09nk(金币+2): 感谢交流 2011-05-11 18:53:56
只取各个物种中相同的某一段序列进行构树应该是可以的。你做的是微生物还是其他的,细菌一般用16S的序列,真菌用18S序列,再就是用线粒体序列,这些序列的引物,大家用的都差不多,都是一段序列的啊。
戒骄戒躁,坦荡做人,平常心做事,享受生活之美!!
2楼2011-05-11 09:33:20
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微笑生活

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 疯狂修行者 at 2011-05-11 09:33:20:
只取各个物种中相同的某一段序列进行构树应该是可以的。你做的是微生物还是其他的,细菌一般用16S的序列,真菌用18S序列,再就是用线粒体序列,这些序列的引物,大家用的都差不多,都是一段序列的啊。

谢谢,我做的是无脊椎的后生动物,现在是想构建一个蛋白酶的系统发生树,但是有的物种序列长度缺了一段,所以就想是不是只取大家都有的那一段也行
3楼2011-05-11 10:50:28
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疯狂修行者

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

微笑生活(金币+5): 谢谢 2011-05-12 12:16:13
引用回帖:
Originally posted by 微笑生活 at 2011-05-11 10:50:28:
谢谢,我做的是无脊椎的后生动物,现在是想构建一个蛋白酶的系统发生树,但是有的物种序列长度缺了一段,所以就想是不是只取大家都有的那一段也行

应该是可以,你说的蛋白酶我不太了解,但是应该是取大家都使用的。因为构建系统发育树要选用较保守的序列部分,这样才能比较亲缘关系,大家都使用的,应该是比较保守吧。你最好查些相关的综述或者相关的硕士博士论文,应该都会有介绍的。
戒骄戒躁,坦荡做人,平常心做事,享受生活之美!!
4楼2011-05-12 08:38:13
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微笑生活

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 疯狂修行者 at 2011-05-12 08:38:13:
应该是可以,你说的蛋白酶我不太了解,但是应该是取大家都使用的。因为构建系统发育树要选用较保守的序列部分,这样才能比较亲缘关系,大家都使用的,应该是比较保守吧。你最好查些相关的综述或者相关的硕士博 ...

谢谢你!这个酶是大家都使用的,只是有个别物种这个序列还没测完全。所以我担心会影响结果
5楼2011-05-12 09:10:29
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uuu555000

捐助贵宾 (正式写手)

学到了不少
无所谓好或不好,人生一场虚空大梦,韶华白首,不过转瞬,惟有天道恒在,往复循环,不曾更改
6楼2011-07-04 20:04:14
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