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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 请教构建系统发生树的一些问题
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微笑生活

铜虫 (小有名气)

[求助] 请教构建系统发生树的一些问题

请问构建系统发生树时，若节点支持率很低怎么办？另外，能不能只取各个物种中相同的某一段序列进行构树，若有高手，请不吝赐教，谢谢！
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1楼 2011-05-10 20:57:57
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疯狂修行者

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

微笑生活(金币+5): 谢谢 2011-05-12 12:16:13
引用回帖:
Originally posted by 微笑生活 at 2011-05-11 10:50:28:
谢谢，我做的是无脊椎的后生动物，现在是想构建一个蛋白酶的系统发生树，但是有的物种序列长度缺了一段，所以就想是不是只取大家都有的那一段也行

应该是可以，你说的蛋白酶我不太了解，但是应该是取大家都使用的。因为构建系统发育树要选用较保守的序列部分，这样才能比较亲缘关系，大家都使用的，应该是比较保守吧。你最好查些相关的综述或者相关的硕士博士论文，应该都会有介绍的。
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戒骄戒躁，坦荡做人，平常心做事，享受生活之美！！
4楼2011-05-12 08:38:13
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疯狂修行者

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
微笑生活(金币+5): 谢谢 2011-05-11 10:46:13
lstt09nk(金币+2): 感谢交流 2011-05-11 18:53:56
只取各个物种中相同的某一段序列进行构树应该是可以的。你做的是微生物还是其他的，细菌一般用16S的序列，真菌用18S序列，再就是用线粒体序列，这些序列的引物，大家用的都差不多，都是一段序列的啊。
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戒骄戒躁，坦荡做人，平常心做事，享受生活之美！！
2楼2011-05-11 09:33:20
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微笑生活

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 疯狂修行者 at 2011-05-11 09:33:20:
只取各个物种中相同的某一段序列进行构树应该是可以的。你做的是微生物还是其他的，细菌一般用16S的序列，真菌用18S序列，再就是用线粒体序列，这些序列的引物，大家用的都差不多，都是一段序列的啊。

谢谢，我做的是无脊椎的后生动物，现在是想构建一个蛋白酶的系统发生树，但是有的物种序列长度缺了一段，所以就想是不是只取大家都有的那一段也行
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3楼2011-05-11 10:50:28
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微笑生活

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 疯狂修行者 at 2011-05-12 08:38:13:
应该是可以，你说的蛋白酶我不太了解，但是应该是取大家都使用的。因为构建系统发育树要选用较保守的序列部分，这样才能比较亲缘关系，大家都使用的，应该是比较保守吧。你最好查些相关的综述或者相关的硕士博 ...

谢谢你！这个酶是大家都使用的，只是有个别物种这个序列还没测完全。所以我担心会影响结果
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5楼2011-05-12 09:10:29
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