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vs570588木虫 (正式写手)
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怎样建立基因文库，以及用它建立生物发育树
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| 我的问题，用污泥驯化富集可以降解某种特定污染物的混合菌，现在要分析微生物菌落结构。想通过建立基因文库。来建立系统发育树。原来的方法是做DGGE,再进行克隆，测序。发现大量外文文献里，很少做DGGE,普遍方法是，做完PCR后，就纯化，克隆，测序，不过测序量十分大。我是个初学者，希望大家能提供详细的过程。另外大家能评价下，DGGE后的克隆测序做系统发育树和直接PCR后克隆测序用啥区别？当然引物用一样的。 |
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vs570588
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2楼2011-06-11 13:39:55
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5楼2011-06-12 12:53:34
gayalynau
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【答案】应助回帖
vs570588(金币+2): 好的谢谢 2011-06-13 10:03:39
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如果做文库，强烈建议用F27和R1492引物直接扩展克隆后测序，一般来说要送样100个，当然用SHANNON指数等软件可以计算出最低送样量，考虑到现在测序费用降低，从我们发表了16S全长的文库来看，送样120-150个就OK，根据OTU在做树，具体方法的优缺点可以参考我的一篇综述： Mol Biol Rep. 2008 Jun;35(2):265-74. Epub 2007 May 5. The use of molecular techniques based on ribosomal RNA and DNA for rumen microbial ecosystem studies: a review. （它引10次） 尽管是做瘤胃微生物，套路一样，只是样品来源不同而已。 DGGE适合于在做完文库后筛选优势菌，可以用这个方法， |
6楼2011-06-12 19:25:17
vs570588
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7楼2011-06-13 10:16:02
vs570588
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8楼2011-06-13 10:21:46
gayalynau
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9楼2011-06-14 13:12:44
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