应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 怎样建立基因文库，以及用它建立生物发育树
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 1635  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 MolEPI ，点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

vs570588

木虫 (正式写手)

[求助] 怎样建立基因文库，以及用它建立生物发育树

我的问题，用污泥驯化富集可以降解某种特定污染物的混合菌，现在要分析微生物菌落结构。想通过建立基因文库。来建立系统发育树。原来的方法是做DGGE,再进行克隆，测序。发现大量外文文献里，很少做DGGE,普遍方法是，做完PCR后，就纯化，克隆，测序，不过测序量十分大。我是个初学者，希望大家能提供详细的过程。另外大家能评价下，DGGE后的克隆测序做系统发育树和直接PCR后克隆测序用啥区别？当然引物用一样的。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-06-10 16:19:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vs570588

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by gayalynau at 2011-06-12 19:25:17:
如果做文库，强烈建议用F27和R1492引物直接扩展克隆后测序，一般来说要送样100个，当然用SHANNON指数等软件可以计算出最低送样量，考虑到现在测序费用降低，从我们发表了16S全长的文库来看，送样120-150个就OK，根 ...

其实这中送样，我还是有些不懂，我们拿的是培养皿做克隆。你也知道转化后一个培养皿里可以克隆出很多菌落，是不我们就把整个培养皿拿去测序就可以。还有一个问题，我不太懂，就是这样子克隆出来是不容易出现非单体克隆？
赞一下 回复此楼
8楼2011-06-13 10:21:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

vs570588

木虫 (正式写手)
那我要顶顶，没有人做过吗
赞一下 回复此楼
2楼2011-06-11 13:39:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuheng19831123

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
vs570588(金币+1): 谢谢 2011-06-12 09:49:31
西瓜(金币+4): 鼓励应助。高人噢！ 2011-06-12 17:48:15
我是专做dgge的 感觉先做这个可以有一个大概的，显著的，有针对性的了解一个微生物生态系统中有哪些菌，哪些多些。有一个明显的比较。
直接PCR就大海撒网了 克隆出啥就是啥 只能知道有他这玩意儿，是多是少就不晓得了，有些时候克隆出的可能是数量很微小的不具代表性的细菌种群。。。。。。。。。。。。。。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-06-11 18:19:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vs570588

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yuheng19831123 at 2011-06-11 18:19:55:
我是专做dgge的 感觉先做这个可以有一个大概的，显著的，有针对性的了解一个微生物生态系统中有哪些菌，哪些多些。有一个明显的比较。
直接PCR就大海撒网了 克隆出啥就是啥 只能知道有他这玩意儿，是多是少就不晓 ...

我的问题是这样的，DGGE只能跑PCR产物为几百的片段。但我们以前用引物534，和341，DGGE做出来还可以，但是切胶克隆测序后，序列根本就没有办法和已知GENBANK里的基因进行对比。所以我们就决定换引物，换引物后，片段可能要很长，所以用DGGE做不可能了。你能说说DGGE一般可以做的片段长度为多少？假如不做的DGGE的话，直接克隆出来，是不要送很多样去测序，才有意义？
赞一下 回复此楼
4楼2011-06-12 09:53:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂 +4 张zz111 2026-03-27 5/250 2026-03-27 15:18 by 星空星月
[考研] 计算机学硕，11408考272分，求调剂，请问还能调剂到A区的计算机学硕吗？ +3 居传振 2026-03-20 3/150 2026-03-27 15:06 by nihaoar
[考研] 0703化学求调剂，各位老师看看我！！！ +4 祁祺祺 2026-03-25 4/200 2026-03-27 13:55 by stillstella
[考研] 317求调剂 +5 十闲wx 2026-03-24 5/250 2026-03-27 13:48 by 杨杨杨紫
[考研] 一志愿华东理工大学081700，初试分数271 +6 kotoko_ik 2026-03-23 7/350 2026-03-27 12:29 by 惠州彭于晏
[考研] 材料求调剂 +5 .m.. 2026-03-25 5/250 2026-03-27 11:08 by 不吃魚的貓
[考研] 316求调剂 +5 江辞666 2026-03-26 5/250 2026-03-27 08:08 by hypershenger
[考研] 333求调剂 +6 wfh030413@ 2026-03-23 6/300 2026-03-26 22:45 by 学员8dgXkO
[考研] 一志愿厦门大学化学学硕307求调剂 +8 y7czhao 2026-03-26 8/400 2026-03-26 19:51 by 不吃魚的貓
[考研] 寻找调剂 +5 倔强芒? 2026-03-21 8/400 2026-03-26 13:25 by 0906ljy
[考研] 26考研-291分-厦门大学（085601）-柔性电子学院材料工程专业求调剂 +3 min3 2026-03-24 4/200 2026-03-25 18:22 by xcjcqu
[考研] 296求调剂 +4 汪！？！ 2026-03-25 7/350 2026-03-25 16:41 by 汪！？！
[考研] 293求调剂 +7 加一一九 2026-03-24 7/350 2026-03-25 12:02 by userper
[考研] 一志愿河北工业大学0817化工278分求调剂 +7 jhybd 2026-03-23 12/600 2026-03-24 09:03 by jhybd
[考研] 336求调剂 +4 收到VS 2026-03-20 4/200 2026-03-23 19:02 by macy2011
[考研] 291求调剂 +5 孅華 2026-03-22 5/250 2026-03-23 09:20 by haoshis
[考研] 276求调剂 +3 YNRYG 2026-03-21 4/200 2026-03-23 08:31 by 醉在风里
[考研] 一志愿东华大学化学070300，求调剂 +7 2117205181 2026-03-21 8/400 2026-03-22 22:55 by chixmc
[考研] 石河子大学（211、双一流）硕博研究生长期招生公告 +3 李子目 2026-03-22 3/150 2026-03-22 21:01 by 怎么释怀
[考研] 材料 271求调剂 +5 展信悦_ 2026-03-21 5/250 2026-03-21 17:29 by 学员8dgXkO
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭