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liuhan0222

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】16S rDNA测序 系统发育树构建 急!!!

通过DGGE分离到6条带,进行克隆测序,目的是要鉴定病原菌,即要知道这6条带对应的是什么菌,BLAST比对后,分别建树找出了亲缘关系最近的一种菌,但是若将6条带与其对应的序列一起建树,结果差异很大,其中几个条带单独聚在一起,与其相似序列相差很远,这是为什么啊?看了很多资料还是没弄明白,这是第一次建树,很没经验,很头疼!!!急切等待高手指点!!!
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欣晴5832

金虫 (小有名气)

liuhan0222(金币+1): 2010-08-18 14:49:08
你这6个序列blast后,与其亲缘关系最近的序列一致度有多高?
2楼2010-08-15 16:41:53
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liuhan0222

新虫 (初入文坛)

谢谢~

你好,几乎都是100%,也有99%
麻烦你好好指导一下吧,我真的不知道该怎么办了,就因为这个结果耽误了好多事情,现在急于发文章!非常感谢!
3楼2010-08-18 14:53:00
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

看看你的序列是不是为反向序列。
用它的反向互补序列弄一下啊
4楼2010-08-18 15:50:30
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!

我猜,你没有把序列弄成一样长,所有会出现与最近的反而聚不到一起的状况……
5楼2010-08-18 15:51:08
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yuanbo934

至尊木虫 (著名写手)

liuhan0222(金币+1): 2010-08-20 16:51:46
需要其他属或种得标准序列即外源序列,必学一样长,在clustal x比对后,用phylip 建树,用dotur分析看他们的距离。
6楼2010-08-18 16:57:32
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lxb456900

银虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
想做16s,感觉qiime这个软件,再加些R包的可视化,非常好。在掏宝搜索“16s测序分析”,有个视频不错,从linux安装一直到查找OTU,热图,venn图,alpha分析,beta分析,构建系统树,系统树可视化。这里面完全可以解决你烦恼
7楼2015-08-28 11:24:53
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