24小时热门版块排行榜    

查看: 2543  |  回复: 6

liuhan0222

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】16S rDNA测序 系统发育树构建 急!!!

通过DGGE分离到6条带,进行克隆测序,目的是要鉴定病原菌,即要知道这6条带对应的是什么菌,BLAST比对后,分别建树找出了亲缘关系最近的一种菌,但是若将6条带与其对应的序列一起建树,结果差异很大,其中几个条带单独聚在一起,与其相似序列相差很远,这是为什么啊?看了很多资料还是没弄明白,这是第一次建树,很没经验,很头疼!!!急切等待高手指点!!!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

欣晴5832

金虫 (小有名气)

liuhan0222(金币+1): 2010-08-18 14:49:08
你这6个序列blast后,与其亲缘关系最近的序列一致度有多高?
2楼2010-08-15 16:41:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuhan0222

新虫 (初入文坛)

谢谢~

你好,几乎都是100%,也有99%
麻烦你好好指导一下吧,我真的不知道该怎么办了,就因为这个结果耽误了好多事情,现在急于发文章!非常感谢!
3楼2010-08-18 14:53:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiadongliang

金虫 (正式写手)

看看你的序列是不是为反向序列。
用它的反向互补序列弄一下啊
4楼2010-08-18 15:50:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!

我猜,你没有把序列弄成一样长,所有会出现与最近的反而聚不到一起的状况……
5楼2010-08-18 15:51:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuanbo934

至尊木虫 (著名写手)

liuhan0222(金币+1): 2010-08-20 16:51:46
需要其他属或种得标准序列即外源序列,必学一样长,在clustal x比对后,用phylip 建树,用dotur分析看他们的距离。
6楼2010-08-18 16:57:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lxb456900

银虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
想做16s,感觉qiime这个软件,再加些R包的可视化,非常好。在掏宝搜索“16s测序分析”,有个视频不错,从linux安装一直到查找OTU,热图,venn图,alpha分析,beta分析,构建系统树,系统树可视化。这里面完全可以解决你烦恼
7楼2015-08-28 11:24:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 liuhan0222 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 此成果不能导入原因:元数据必填信息不完整,可 进行补充。 +3 Kittylucky 2026-03-02 4/200 2026-03-02 09:48 by kingkocxr
[考研] 0854复试调剂 276 +4 wmm9 2026-03-01 6/300 2026-03-02 09:28 by 热情沙漠
[考研] 材料工程269求调剂 +3 白刺玫 2026-03-02 3/150 2026-03-02 09:25 by 一休哥FU
[考研] 材料工程专硕283求调剂 5+3 ,!? 2026-03-02 3/150 2026-03-02 09:04 by 材子momo
[考研] 322求调剂 +3 熊境喆 2026-03-01 3/150 2026-03-02 08:44 by houyaoxu
[考研] 高分子化学与物理调剂 +6 好好好1233 2026-02-28 13/650 2026-03-02 07:27 by 好好好1233
[基金申请] 本子写完了,给DS兄弟看了,得了92分 +3 Doma 2026-03-01 7/350 2026-03-02 00:00 by jnzsy
[考研] 0856调剂 +5 刘梦微 2026-02-28 5/250 2026-03-01 22:30 by wang_dand
[考研] 26考研报考西工大材料308分求调剂 +3 weizhong123 2026-03-01 3/150 2026-03-01 21:42 by 公瑾逍遥
[考研] 328求调剂 +3 aaadim 2026-03-01 5/250 2026-03-01 17:29 by njzyff
[基金申请] 刚录用,没有期刊号,但是在线可看的论文可以放为代表作吗 10+3 arang1 2026-03-01 3/150 2026-03-01 16:43 by babero
[考研] 313求调剂 +3 水流年lc 2026-02-28 3/150 2026-03-01 16:01 by 新能源达人
[考研] 304求调剂 +6 曼殊2266 2026-02-28 7/350 2026-03-01 15:14 by wjLi2017
[考研] 材料工程274求调剂 +3 Lilithan 2026-03-01 3/150 2026-03-01 14:58 by ms629
[考研] 303求调剂 +4 今夏不夏 2026-03-01 4/200 2026-03-01 14:46 by 嘟嘟小浣熊
[考研] 求调剂 +6 repeatt?t 2026-02-28 6/300 2026-03-01 14:37 by Sakura绘
[考研] 295复试调剂 +3 简木ChuFront 2026-03-01 3/150 2026-03-01 14:27 by zzxw520th
[考研] 311求调剂 +9 南迦720 2026-02-28 10/500 2026-03-01 10:55 by sunny81
[论文投稿] 求助coordination chemistry reviews 的写作模板 10+3 ljplijiapeng 2026-02-27 4/200 2026-03-01 09:07 by babero
[高分子] 求环氧树脂研发1名 +3 孙xc 2026-02-25 11/550 2026-02-28 16:57 by ichall
信息提示
请填处理意见