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vs570588

木虫 (正式写手)

[交流] 【交流】Blast比对结果解惑

我自己混合富集的硫自养高氯酸盐还原菌，经过PCR-DGGE,克隆测序后，现在在NCBI上比对，建发育树，但是克隆的几乎40个样品，比对结果都是和非培养的其它菌种能对上，这是啥原因？难道因为是NCBI上上传的这种类型的纯菌太少，或者研究比较少，目前大家都在做混合的？
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1楼 2011-04-17 12:57:14
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vs570588

木虫 (正式写手)
为啥没有人回复呢
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2楼2011-04-17 21:11:08
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haitian0625

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非目的菌？和其他菌的亲缘就是很近？再就是呈递的此菌序列少：我以为。
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3楼2011-04-18 08:55:53
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vs570588

木虫 (正式写手)
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Originally posted by haitian0625 at 2011-04-18 08:55:53:
非目的菌？和其他菌的亲缘就是很近？再就是呈递的此菌序列少：我以为。

由于我做的混合菌，出来后测序结果和已知纯菌的序列根本就对不上，但是我的目的基因也归不到常见的两个属中。到时和那些非培养的未命名的一些已知序列可以对上号。但这就牵涉到怎样选择外部菌种。
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4楼2011-04-19 13:09:11
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惟我独尊

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vs570588(金币+3): 我们就是200bp 2011-04-20 08:54:36
是因为ＤＧＧＥ的片段太短了，也就２００bp 吧？ 这么短的序列包含的信息太少了，加之测序开头一段序列是测不准的，所以会出现和其他菌一样！
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5楼2011-04-19 16:46:47
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vs570588

木虫 (正式写手)
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Originally posted by 惟我独尊 at 2011-04-19 16:46:47:
是因为ＤＧＧＥ的片段太短了，也就２００bp 吧？ 这么短的序列包含的信息太少了，加之测序开头一段序列是测不准的，所以会出现和其他菌一样！

你说的有道理，我的片段也就是200bp。由于用的引物为f341, r534，你说如果要增加片段长度，是不就要换引物
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6楼2011-04-20 08:58:30
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惟我独尊

金虫 (小有名气)
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Originally posted by vs570588 at 2011-04-20 08:58:30:
你说的有道理，我的片段也就是200bp。由于用的引物为f341, r534，你说如果要增加片段长度，是不就要换引物

对，换引物的话效果肯定好，但是DGGE图谱没有 200bp的漂亮。
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7楼2011-04-20 16:54:25
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vs570588

木虫 (正式写手)
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Originally posted by 惟我独尊 at 2011-04-20 16:54:25:
对，换引物的话效果肯定好，但是DGGE图谱没有 200bp的漂亮。

那你说建系统发育树时，以现在200bp找外源微生物怎样考虑？
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8楼2011-04-20 20:44:22
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惟我独尊

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Originally posted by vs570588 at 2011-04-20 20:44:22:
那你说建系统发育树时，以现在200bp找外源微生物怎样考虑？

这个真的不好找，如果找出来的都是uncultured，其实建树的意义就不大。不好说。
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9楼2011-04-20 21:05:27
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vs570588

木虫 (正式写手)
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Originally posted by 惟我独尊 at 2011-04-20 21:05:27:
这个真的不好找，如果找出来的都是uncultured，其实建树的意义就不大。不好说。

但是如果找出的isolates，根本与已经知道这类微生物特征就不符合。那你说假如挑选uncultured，应遵循啥原则？如果真找不到，可不可以就只拿我测序结果建树可以吗
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10楼2011-04-20 21:52:14
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惟我独尊

金虫 (小有名气)
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Originally posted by vs570588 at 2011-04-20 21:52:14:
但是如果找出的isolates，根本与已经知道这类微生物特征就不符合。那你说假如挑选uncultured，应遵循啥原则？如果真找不到，可不可以就只拿我测序结果建树可以吗

这个我也不知道遵循什么原则，只拿你的测序结果建树？！没多大意义吧我认为。
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11楼2011-04-21 08:35:06
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w200906162012楼
2016-02-25 17:36   回复  
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