24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1928  |  回复: 11

vs570588

木虫 (正式写手)


[交流] 【交流】Blast比对结果解惑

我自己混合富集的硫自养高氯酸盐还原菌,经过PCR-DGGE,克隆测序后,现在在NCBI上比对,建发育树,但是克隆的几乎40个样品,比对结果都是和非培养的其它菌种能对上,这是啥原因?难道因为是NCBI上上传的这种类型的纯菌太少,或者研究比较少,目前大家都在做混合的?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vs570588

木虫 (正式写手)


为啥没有人回复呢
2楼2011-04-17 21:11:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

haitian0625

金虫 (小有名气)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
非目的菌?和其他菌的亲缘就是很近?再就是呈递的此菌序列少:我以为。
3楼2011-04-18 08:55:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vs570588

木虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by haitian0625 at 2011-04-18 08:55:53:
非目的菌?和其他菌的亲缘就是很近?再就是呈递的此菌序列少:我以为。

由于我做的混合菌,出来后测序结果和已知纯菌的序列根本就对不上,但是我的目的基因也归不到常见的两个属中。到时和那些非培养的未命名的一些已知序列可以对上号。但这就牵涉到怎样选择外部菌种。
4楼2011-04-19 13:09:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

惟我独尊

金虫 (小有名气)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
vs570588(金币+3): 我们就是200bp 2011-04-20 08:54:36
是因为DGGE的片段太短了,也就200bp 吧? 这么短的序列包含的信息太少了,加之测序开头一段序列是测不准的,所以会出现和其他菌一样!
5楼2011-04-19 16:46:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vs570588

木虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by 惟我独尊 at 2011-04-19 16:46:47:
是因为DGGE的片段太短了,也就200bp 吧? 这么短的序列包含的信息太少了,加之测序开头一段序列是测不准的,所以会出现和其他菌一样!

你说的有道理,我的片段也就是200bp。由于用的引物为f341, r534,你说如果要增加片段长度,是不就要换引物
6楼2011-04-20 08:58:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

惟我独尊

金虫 (小有名气)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by vs570588 at 2011-04-20 08:58:30:
你说的有道理,我的片段也就是200bp。由于用的引物为f341, r534,你说如果要增加片段长度,是不就要换引物

对,换引物的话效果肯定好,但是DGGE图谱没有 200bp的漂亮。
7楼2011-04-20 16:54:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vs570588

木虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by 惟我独尊 at 2011-04-20 16:54:25:
对,换引物的话效果肯定好,但是DGGE图谱没有 200bp的漂亮。

那你说建系统发育树时,以现在200bp找外源微生物怎样考虑?
8楼2011-04-20 20:44:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

惟我独尊

金虫 (小有名气)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by vs570588 at 2011-04-20 20:44:22:
那你说建系统发育树时,以现在200bp找外源微生物怎样考虑?

这个真的不好找,如果找出来的都是uncultured,其实建树的意义就不大。不好说。
9楼2011-04-20 21:05:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vs570588

木虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by 惟我独尊 at 2011-04-20 21:05:27:
这个真的不好找,如果找出来的都是uncultured,其实建树的意义就不大。不好说。

但是如果找出的isolates,根本与已经知道这类微生物特征就不符合。那你说假如挑选uncultured,应遵循啥原则?如果真找不到,可不可以就只拿我测序结果建树可以吗
10楼2011-04-20 21:52:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

惟我独尊

金虫 (小有名气)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by vs570588 at 2011-04-20 21:52:14:
但是如果找出的isolates,根本与已经知道这类微生物特征就不符合。那你说假如挑选uncultured,应遵循啥原则?如果真找不到,可不可以就只拿我测序结果建树可以吗

这个我也不知道遵循什么原则,只拿你的测序结果建树?!没多大意义吧我认为。
11楼2011-04-21 08:35:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
2016-02-25 17:36   回复  
.
相关版块跳转 我要订阅楼主 学员BmWXvC 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 348求调剂 +6 wukira 2026-04-04 6/300 2026-04-05 18:11 by 猪会飞
[考研] 285求调剂 +11 哦呦呼o 2026-04-04 11/550 2026-04-05 17:59 by 猪会飞
[考研] 工科求调剂 +15 11ggg 2026-04-03 15/750 2026-04-05 16:24 by zzx2138
[考研] 一志愿上海海洋大学083200食品学硕,求调剂,接受其他专业083200 +4 what张 2026-04-04 5/250 2026-04-05 14:07 by chw1980_0
[考研] 295求调剂 +10 xndjjj 2026-04-04 10/500 2026-04-05 11:19 by 猪会飞
[考研] 272求调剂 +4 电气李 2026-04-05 4/200 2026-04-05 10:41 by lbsjt
[考研] 环境科学与工程334分求调剂 +9 王一一依依 2026-03-30 12/600 2026-04-04 20:55 by dongzh2009
[考研] 一志愿沪9,求生物学调剂,326分 +6 刘墨墨 2026-04-04 6/300 2026-04-04 19:44 by 唐沐儿
[考研] 334求调剂 +8 曾仰之 2026-04-03 8/400 2026-04-04 11:16 by w_xuqing
[考研] 266求调剂 +8 学员97LZgn 2026-04-03 8/400 2026-04-04 09:02 by 20021109
[考研] 372分材料与化工(085600)一志愿湖南大学求调剂 +3 蓝笺片 2026-04-03 4/200 2026-04-03 17:58 by Jimmyandyou
[考研] 315求调剂 +6 顺理成张 2026-04-03 8/400 2026-04-03 14:04 by 百灵童888
[考研] 土木水利328分求调剂 +6 疾风知劲草666 2026-04-02 6/300 2026-04-03 11:38 by znian
[考研] 一志愿中国科学院大学265求调剂 +9 恬淡ye 2026-03-31 10/500 2026-04-03 11:10 by txp1986
[考研] 一志愿北京科技材料科学与工程288分,求调剂 +14 是辰啊 2026-04-02 14/700 2026-04-02 21:10 by dongzh2009
[考研] 314求调剂 +11 1xiaojun23 2026-03-31 12/600 2026-04-02 12:31 by 1xiaojun23
[考研] 354求调剂 +4 lxb598 2026-03-31 5/250 2026-04-02 09:55 by Jaylen.
[考研] 材料调剂 +11 一样YWY 2026-03-31 11/550 2026-04-01 22:25 by zhouyuwinner
[考研] 江苏科技大学招材料研究生 +4 Su032713. 2026-04-01 5/250 2026-04-01 22:03 by cccchenso
[考研] 080500-315分复试调剂 +9 上岸3821 2026-03-31 9/450 2026-03-31 17:29 by 唐沐儿
信息提示
请填处理意见