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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » Blast 细菌比对各种疑问，求解
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huangk1199

木虫 (正式写手)

[求助] Blast 细菌比对各种疑问，求解

我研究的蚯蚓方向，微生物方向新手，第一次测序后，Blast比对，现有以下不解，求解答。
1、测序样本在blast中比对，有一半的样本同源性低于90%，并且有三个样本直接无法鉴定，blast出现error，why？
2、为什么NCBI和DDBJ中的比对结果差异巨大？
3、对于有些样本，一个基因序列在blast比对后有十几个菌种的同源性均为100%，请问如何筛选出最佳的匹配菌种？
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一路蚯蚓
1楼 2013-04-05 16:41:13
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huangk1199

木虫 (正式写手)
自己帮自己顶一个。
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一路蚯蚓
2楼2013-04-06 08:36:05
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taoqi1986918

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+1, 鼓励应助！ 2013-04-07 13:58:36
huangk1199: 金币+1, ★有帮助 2013-04-08 10:17:18
这个要看每个参照序列的覆盖率以及序列的详细信息，一般会有介绍的e
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耐得住寂寞才能拥有繁华！
3楼2013-04-06 09:43:02
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liuyi8203

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+5, good！ 2013-04-07 13:59:11
huangk1199: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-08 10:17:35
第一问：如果你的测序结果正确可信的话（看看峰图），你很可能发现新种了，不然就是你的测序结果有问题，blast出现error没遇到过。
第二问：没用过DDBJ，不乱说。
第三问：这十几个种都属于同一个属吗？如果都属于，16或18S的分辨率就只能这样了，结合形态学、生理生化试验或设计特异引物进一步鉴定；如果不属于，建议重新设计引物以提高特异性。
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4楼2013-04-07 09:58:43
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lmhzy1987

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
huangk1199: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-04-08 10:17:46
不知道你测序的片段多长，如果你用的引物是16S引物，并且你测序的一段序列刚好是位于保守区的话，100%的同源性是没什么太大意义的，error这种问题应该是你的序列格式里有些非法字符吧，好好检查下格式
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头疼的文库
5楼2013-04-07 16:55:06
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