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huangk1199木虫 (正式写手)
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[求助]
Blast 细菌比对各种疑问，求解
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我研究的蚯蚓方向，微生物方向新手，第一次测序后，Blast比对，现有以下不解，求解答。 1、测序样本在blast中比对，有一半的样本同源性低于90%，并且有三个样本直接无法鉴定，blast出现error，why？ 2、为什么NCBI和DDBJ中的比对结果差异巨大？ 3、对于有些样本，一个基因序列在blast比对后有十几个菌种的同源性均为100%，请问如何筛选出最佳的匹配菌种？ 散金币.... |
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2楼2013-04-06 08:36:05
taoqi1986918
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3楼2013-04-06 09:43:02
【答案】应助回帖
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huangk1199: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-08 10:17:35
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laozuzunzhe: 金币+5, good！ 2013-04-07 13:59:11
huangk1199: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-08 10:17:35
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第一问：如果你的测序结果正确可信的话（看看峰图），你很可能发现新种了，不然就是你的测序结果有问题，blast出现error没遇到过。 第二问：没用过DDBJ，不乱说。 第三问：这十几个种都属于同一个属吗？如果都属于，16或18S的分辨率就只能这样了，结合形态学、生理生化试验或设计特异引物进一步鉴定；如果不属于，建议重新设计引物以提高特异性。 |
4楼2013-04-07 09:58:43
lmhzy1987
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5楼2013-04-07 16:55:06
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