应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » Blast 细菌比对各种疑问，求解
51/1返回列表
查看: 1488  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

huangk1199

木虫 (正式写手)

[求助] Blast 细菌比对各种疑问，求解

我研究的蚯蚓方向，微生物方向新手，第一次测序后，Blast比对，现有以下不解，求解答。
1、测序样本在blast中比对，有一半的样本同源性低于90%，并且有三个样本直接无法鉴定，blast出现error，why？
2、为什么NCBI和DDBJ中的比对结果差异巨大？
3、对于有些样本，一个基因序列在blast比对后有十几个菌种的同源性均为100%，请问如何筛选出最佳的匹配菌种？
散金币....
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
一路蚯蚓
1楼 2013-04-05 16:41:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuyi8203

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+5, good！ 2013-04-07 13:59:11
huangk1199: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-08 10:17:35
第一问：如果你的测序结果正确可信的话（看看峰图），你很可能发现新种了，不然就是你的测序结果有问题，blast出现error没遇到过。
第二问：没用过DDBJ，不乱说。
第三问：这十几个种都属于同一个属吗？如果都属于，16或18S的分辨率就只能这样了，结合形态学、生理生化试验或设计特异引物进一步鉴定；如果不属于，建议重新设计引物以提高特异性。
赞一下 回复此楼
4楼2013-04-07 09:58:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

huangk1199

木虫 (正式写手)
自己帮自己顶一个。
赞一下 回复此楼
一路蚯蚓
2楼2013-04-06 08:36:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

taoqi1986918

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+1, 鼓励应助！ 2013-04-07 13:58:36
huangk1199: 金币+1, ★有帮助 2013-04-08 10:17:18
这个要看每个参照序列的覆盖率以及序列的详细信息，一般会有介绍的e
赞一下 回复此楼
耐得住寂寞才能拥有繁华！
3楼2013-04-06 09:43:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lmhzy1987

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
huangk1199: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-04-08 10:17:46
不知道你测序的片段多长，如果你用的引物是16S引物，并且你测序的一段序列刚好是位于保守区的话，100%的同源性是没什么太大意义的，error这种问题应该是你的序列格式里有些非法字符吧，好好检查下格式
赞一下 回复此楼
头疼的文库
5楼2013-04-07 16:55:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +7 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 8/400 2026-09-17 01:38 by Tql5LQhh5rLK
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +7 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 8/400 2026-09-17 01:16 by Tql5LQhh5rLK
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 i3KBRD19ERkG 2026-09-16 3/150 2026-09-17 00:50 by Tql5LQhh5rLK
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 mibUvS8DDCwf 2026-09-15 3/150 2026-09-16 23:28 by Tql5LQhh5rLK
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 23jxep3nCNZb 2026-09-14 4/200 2026-09-16 21:03 by MHf40yA0Uhyb
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 5/250 2026-09-16 20:38 by MHf40yA0Uhyb
[博后之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 7/350 2026-09-16 19:27 by rRvxEj3zorCy
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 6/300 2026-09-16 17:27 by i3KBRD19ERkG
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 6/300 2026-09-16 16:00 by i3KBRD19ERkG
[找工作] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +7 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 7/350 2026-09-16 15:12 by i3KBRD19ERkG
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 3/150 2026-09-16 06:48 by LH5NkK5Ud4bh
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 4/200 2026-09-16 06:27 by LH5NkK5Ud4bh
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 5/250 2026-09-16 05:03 by LH5NkK5Ud4bh
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-15 18:47 by CgyNCDVNhGVg
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 17:39 by CgyNCDVNhGVg
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 7/350 2026-09-15 16:47 by CgyNCDVNhGVg
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-15 09:38 by VMDqgnlKimtZ
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 4/200 2026-09-15 06:50 by 5BDX0d0WFp7t
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 6/300 2026-09-14 22:37 by vZfe6xYu34yj
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:13 by Aj1rhIDL5ixY
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭