| 查看: 1523 | 回复: 4 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
huangk1199木虫 (正式写手)
|
[求助]
Blast 细菌比对各种疑问，求解
|
||
|
我研究的蚯蚓方向，微生物方向新手，第一次测序后，Blast比对，现有以下不解，求解答。 1、测序样本在blast中比对，有一半的样本同源性低于90%，并且有三个样本直接无法鉴定，blast出现error，why？ 2、为什么NCBI和DDBJ中的比对结果差异巨大？ 3、对于有些样本，一个基因序列在blast比对后有十几个菌种的同源性均为100%，请问如何筛选出最佳的匹配菌种？ 散金币.... |
回复此楼» 猜你喜欢
极限拉扯，如何抉择
已经有8人回复
-
入职后第一次管课题组的专利缴费，对账才发现官费比别人多掏了一倍
已经有6人回复
-
OpenAI又攻克数学难题了，离AI做有机合成还有多远？
已经有8人回复
-
课题组会帮你通过考核么？
已经有6人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有9人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有8人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有10人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有9人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有7人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有10人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+5, good！ 2013-04-07 13:59:11
huangk1199: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-08 10:17:35
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+5, good！ 2013-04-07 13:59:11
huangk1199: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-08 10:17:35
|
第一问：如果你的测序结果正确可信的话（看看峰图），你很可能发现新种了，不然就是你的测序结果有问题，blast出现error没遇到过。 第二问：没用过DDBJ，不乱说。 第三问：这十几个种都属于同一个属吗？如果都属于，16或18S的分辨率就只能这样了，结合形态学、生理生化试验或设计特异引物进一步鉴定；如果不属于，建议重新设计引物以提高特异性。 |
4楼2013-04-07 09:58:43
huangk1199
木虫 (正式写手)
- 应助: 15 (小学生)
- 金币: 5052
- 散金: 229
- 红花: 3
- 帖子: 458
- 在线: 507.3小时
- 虫号: 785308
- 注册: 2009-06-02
- 性别: GG
- 专业: 环境工程
2楼2013-04-06 08:36:05
taoqi1986918
铜虫 (小有名气)
- 应助: 39 (小学生)
- 金币: 275.3
- 散金: 413
- 红花: 1
- 帖子: 261
- 在线: 56.2小时
- 虫号: 2366225
- 注册: 2013-03-21
- 性别: GG
- 专业: 微生物学
3楼2013-04-06 09:43:02
lmhzy1987
金虫 (正式写手)
- 应助: 27 (小学生)
- 金币: 1086.1
- 红花: 1
- 帖子: 328
- 在线: 153.4小时
- 虫号: 1385160
- 注册: 2011-08-31
- 专业: 微生物资源与分类学
5楼2013-04-07 16:55:06
