| 查看: 1116 | 回复: 4 | ||
huangk1199木虫 (正式写手)
|
[求助]
Blast 细菌比对各种疑问，求解
|
|
我研究的蚯蚓方向，微生物方向新手，第一次测序后，Blast比对，现有以下不解，求解答。 1、测序样本在blast中比对，有一半的样本同源性低于90%，并且有三个样本直接无法鉴定，blast出现error，why？ 2、为什么NCBI和DDBJ中的比对结果差异巨大？ 3、对于有些样本，一个基因序列在blast比对后有十几个菌种的同源性均为100%，请问如何筛选出最佳的匹配菌种？ 散金币.... |
回复此楼» 猜你喜欢
三甲基碘化亚砜的氧化反应
已经有4人回复
-
请问下大家为什么这个铃木偶联几乎不反应呢
已经有5人回复
-
请问有评职称，把科研教学业绩算分排序的高校吗
已经有5人回复
-
孩子确诊有中度注意力缺陷
已经有12人回复
-
2025冷门绝学什么时候出结果
已经有3人回复
-
天津工业大学郑柳春团队欢迎化学化工、高分子化学或有机合成方向的博士生和硕士生加入
已经有4人回复
-
康复大学泰山学者周祺惠团队招收博士研究生
已经有6人回复
-
AI论文写作工具：是科研加速器还是学术作弊器？
已经有3人回复
-
论文投稿，期刊推荐
已经有4人回复
-
硕士和导师闹得不愉快
已经有13人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
huangk1199
木虫 (正式写手)
- 应助: 15 (小学生)
- 金币: 5052
- 散金: 229
- 红花: 3
- 帖子: 458
- 在线: 507.3小时
- 虫号: 785308
- 注册: 2009-06-02
- 性别: GG
- 专业: 环境工程
2楼2013-04-06 08:36:05
taoqi1986918
铜虫 (小有名气)
- 应助: 39 (小学生)
- 金币: 275.3
- 散金: 413
- 红花: 1
- 帖子: 261
- 在线: 56.2小时
- 虫号: 2366225
- 注册: 2013-03-21
- 性别: GG
- 专业: 微生物学
3楼2013-04-06 09:43:02
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+5, good！ 2013-04-07 13:59:11
huangk1199: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-08 10:17:35
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+5, good！ 2013-04-07 13:59:11
huangk1199: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-08 10:17:35
|
第一问：如果你的测序结果正确可信的话（看看峰图），你很可能发现新种了，不然就是你的测序结果有问题，blast出现error没遇到过。 第二问：没用过DDBJ，不乱说。 第三问：这十几个种都属于同一个属吗？如果都属于，16或18S的分辨率就只能这样了，结合形态学、生理生化试验或设计特异引物进一步鉴定；如果不属于，建议重新设计引物以提高特异性。 |
4楼2013-04-07 09:58:43
lmhzy1987
金虫 (正式写手)
- 应助: 27 (小学生)
- 金币: 1086.1
- 红花: 1
- 帖子: 328
- 在线: 153.4小时
- 虫号: 1385160
- 注册: 2011-08-31
- 专业: 微生物资源与分类学
5楼2013-04-07 16:55:06