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jiangronglu

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] BLAST 序列分析已有2人参与

NCBI上,我提交的序列与已经提交的序列比对后,发现标号正好相反如下图:

BLAST 序列分析
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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jiangronglu(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-03-15 10:42:27
jiangronglu: 金币+6, 有帮助 2014-03-15 14:24:29
DNA一般都是双链的,NCBI数据库里原先收录了互补链,所以blast和你的序列标号相反,这种情况很常见的。NCBI收录DNA时一般都是只要一条链的,比如人类基因组30亿个bp,要是两条链都收录的话,就无端端的多地占用了一倍的内存,很不划算。
2楼2014-03-15 10:31:03
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jiangronglu

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2014-03-15 10:31:03
DNA一般都是双链的,NCBI数据库里原先收录了互补链,所以blast和你的序列标号相反,这种情况很常见的。NCBI收录DNA时一般都是只要一条链的,比如人类基因组30亿个bp,要是两条链都收录的话,就无端端的多地占用了一 ...

楼主说的DNA双链应该是互补的啊?按我比对结果的好像应该是双链的信息一样的,而不是互补的啊?
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3楼2014-03-15 14:25:42
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by jiangronglu at 2014-03-15 14:25:42
楼主说的DNA双链应该是互补的啊?按我比对结果的好像应该是双链的信息一样的,而不是互补的啊?...

这是Blast给出的比较人性化的显示方式!你想要是另一条链显示互补链,那如果使用者对比对结果有疑问,需要细查,就得一个个碱基转换过来,很麻烦。
4楼2014-03-15 17:41:09
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Davidzjy

铁杆木虫 (正式写手)

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jiangronglu(gyesang代发): 金币+3, 鼓励回帖交流! 2014-03-31 18:38:43
一段双链DNA又没有方向
你的序列跟数据库里方向相反是在正常不过的事情了
你要是看不顺眼就把序列摘下来reverse一下
能做这件事的工具很多
5楼2014-03-15 18:16:00
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