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chenfeng0312

铜虫 (初入文坛)

[求助] 如何使用blast进行多序列两两比对

比如,我有四个核酸序列a b c d。现在需要两两比较他们的相似度。得出相似度的集合为:ab ac ad bc bd cd.
blast有没有这样的功能可以一次性做这些工作。
如果手工两两输入比较根本就做不完太多了。
我意思是,不管是网络版还是单机版,能不能直接输入a b c d,然后就得到所有两两比较的结果?
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dulei

木虫 (小有名气)

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 应助指数-1, 谢谢参与,不过看了那个工具的简介,好像不是楼主所要的功能,还是单一序列对多序列,请详细说明 2013-04-06 08:31:19
EBI的Clustal Omega可以实现。
网址:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
输入fasta格式的序列名称和碱基序列。
4楼2013-04-05 19:48:34
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这个目的的话,可能FASTA更合适。
BLAST是适合于针对数据库的比对
3楼2013-04-05 05:34:11
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chenfeng0312

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by wizardfan at 2013-04-05 05:34:11
这个目的的话,可能FASTA更合适。
BLAST是适合于针对数据库的比对

我也了解了下fasta。似乎也不太合适。blast如果我把所有序列都放在两个框里,倒是凑合了。目前正在往上跑,得先看看结果再说了多谢帮助
6楼2013-04-06 10:32:34
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wpwupingwp

木虫 (正式写手)

两两对比的话可以编个脚本
我是一对多 用的blastall
南无观世音菩萨
10楼2013-04-07 21:37:09
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普通回帖

gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 谢谢提供思路 2013-04-05 05:34:29
chenfeng0312: 金币+10, ★有帮助, 我现在就是用这样的方法。没办法,找不到其他的招了 2013-04-06 10:20:35
如果用blast的话,那就拿所有的序列构建数据库;然后再拿所用的序列去blast。再看最后的结果咯……
2楼2013-04-04 20:56:14
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chenfeng0312

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by dulei at 2013-04-05 19:48:34
EBI的Clustal Omega可以实现。
网址:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
输入fasta格式的序列名称和碱基序列。

对呀,是不太合适。现在使用blast把所有序列在两个框里都输进去,也算凑合能用了
5楼2013-04-06 10:21:27
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chenfeng0312

铜虫 (初入文坛)

似乎现在的序列查询和搜索工具都没有类似功能,觉得有时候很不方便。尤其做生物信息学的话,两两间相似度还是很常用的。
7楼2013-04-06 10:33:42
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奔跑的乌拉龟

铜虫 (正式写手)

vector也可以用的
脚踏实地
8楼2013-04-06 15:59:48
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chenfeng0312

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 奔跑的乌拉龟 at 2013-04-06 15:59:48
vector也可以用的

vector 是什么工具?麻烦提供一下网址好么,谢谢
9楼2013-04-07 10:40:27
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