24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 6021  |  回复: 16
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

chenfeng0312

铜虫 (初入文坛)

[求助] 如何使用blast进行多序列两两比对

比如,我有四个核酸序列a b c d。现在需要两两比较他们的相似度。得出相似度的集合为:ab ac ad bc bd cd.
blast有没有这样的功能可以一次性做这些工作。
如果手工两两输入比较根本就做不完太多了。
我意思是,不管是网络版还是单机版,能不能直接输入a b c d,然后就得到所有两两比较的结果?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenfeng0312

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by dulei at 2013-04-05 19:48:34
EBI的Clustal Omega可以实现。
网址:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
输入fasta格式的序列名称和碱基序列。

对呀,是不太合适。现在使用blast把所有序列在两个框里都输进去,也算凑合能用了
5楼2013-04-06 10:21:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 17 个回答

gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 谢谢提供思路 2013-04-05 05:34:29
chenfeng0312: 金币+10, 有帮助, 我现在就是用这样的方法。没办法,找不到其他的招了 2013-04-06 10:20:35
如果用blast的话,那就拿所有的序列构建数据库;然后再拿所用的序列去blast。再看最后的结果咯……
2楼2013-04-04 20:56:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这个目的的话,可能FASTA更合适。
BLAST是适合于针对数据库的比对
3楼2013-04-05 05:34:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dulei

木虫 (小有名气)

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 应助指数-1, 谢谢参与,不过看了那个工具的简介,好像不是楼主所要的功能,还是单一序列对多序列,请详细说明 2013-04-06 08:31:19
EBI的Clustal Omega可以实现。
网址:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
输入fasta格式的序列名称和碱基序列。
4楼2013-04-05 19:48:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 313求调剂 +5 余摆摆是大哥 2026-04-11 5/250 2026-04-12 10:34 by 猪会飞
[考研] 331求调剂 +5 王国帅 2026-04-11 5/250 2026-04-11 22:56 by 溪涧流水
[考研] 296求调剂 +14 汪!?! 2026-04-08 15/750 2026-04-11 20:28 by dongdian1
[考研] 生物学调剂 可调剂到生物与医药 +8 李政莹 2026-04-06 9/450 2026-04-11 10:36 by wwj2530616
[考研] 22408 327分求调剂 +4 韵风kon 2026-04-10 4/200 2026-04-11 09:51 by 猪会飞
[考研] 284求调剂 +12 archer.. 2026-04-10 13/650 2026-04-11 08:44 by zhq0425
[考研] 调剂 +19 小张ZA 2026-04-10 20/1000 2026-04-10 22:08 by 猪会飞
[考研] 初试261 +3 Asht少 2026-04-10 6/300 2026-04-10 16:38 by Asht少
[考研] 环境专硕调剂 +16 会说话的肘子 2026-04-06 16/800 2026-04-10 10:30 by asy1wn
[考研] 生物学求调剂 一志愿沪9,326分 +7 刘墨墨 2026-04-06 7/350 2026-04-10 08:11 by kangsm
[考研] 278求调剂 +27 范婷娜 2026-04-07 31/1550 2026-04-09 20:49 by zhouxiaoyu
[考研] 274求调剂 +5 山阿蔓 2026-04-07 5/250 2026-04-09 15:28 by 18828373951
[考研] 1U盾记得记得就 +9 sanjin020722 2026-04-08 10/500 2026-04-09 14:11 by 诗与自由
[考研] 286求调剂 +19 Faune 2026-04-08 20/1000 2026-04-09 08:36 by 哦哦123
[考研] 求调剂 +8 吃口冰激凌 2026-04-07 8/400 2026-04-09 08:03 by 5268321
[考研] 085404,334分,求调剂 +5 sunjie8888 2026-04-08 8/400 2026-04-09 07:26 by sunjie8888
[考研] 0854求调剂 +9 亨氏番茄沙司 2026-04-06 10/500 2026-04-07 14:37 by shdgaomin
[考研] 316求调剂 +7 yyx想调剂 2026-04-05 7/350 2026-04-07 14:31 by shdgaomin
[考研] 调剂 +4 mcbbc 2026-04-06 5/250 2026-04-07 12:33 by upczlm1989
[考研] 求调剂 +10 chenxrlkx 2026-04-05 10/500 2026-04-06 11:31 by 猪会飞
信息提示
请填处理意见