应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » PSI-BLAST怎样输出蛋白序列的PSSM打分矩阵
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
141/2返回列表12下一页
查看: 3279  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

heapyssb

木虫 (著名写手)

[求助] PSI-BLAST怎样输出蛋白序列的PSSM打分矩阵

最近在研究PSSM方面的问题，新手入门，很多东西都不明白，还希望精通这方面的学者给予帮助啊。先谢谢大家了。
我在网上也找了很多相关的资料，但基本上啊是没找到我想要的。
很多人用blastpgp能得到这个pssm的打分举证，但是我在ncbi上下载本地版的blast安装后，在bin文件夹里面没有找到这个blastpgp课执行文件啊（blast版本为blast-2.2.25+）
很多文献报道PSI-BLAST得到profile（我不知道这个单词怎么翻译跟准确），那个这个profile和pssm有联系吗？
可能是我对pssm具体是指什么还不是很明白，希望能有人帮下我，具体的说明下跟怎样使用现在这个版本的blast得到被测序列的pssm值。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

工具 source

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-12-02 15:43:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

zhaoxw303

禁虫 (正式写手)
heapyssb(金币+2): 2011-12-02 18:53:57
本帖内容被屏蔽
2楼2011-12-02 17:36:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoxw303

禁虫 (正式写手)
★
amisking(金币+1): 鼓励发帖交流。 2011-12-02 19:47:22
heapyssb(金币+2): 2011-12-02 20:19:52
本帖内容被屏蔽
4楼2011-12-02 19:11:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

流风易逝

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

psiblast -in_msa 1 -out_ascii_pssm pssm1.txt -subject 1
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2011-12-05 15:18:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

heapyssb

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhaoxw303 at 2011-12-02 17:36:30:
blastpgp是旧版本里的一个程序，你下的是最新的版本，也可以输出PSSM矩阵！

谢谢你啦，能具体说说怎样输出pssm矩阵吗
赞一下 回复此楼
3楼2011-12-02 18:52:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

heapyssb

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhaoxw303 at 2011-12-02 19:11:07:
在本地下载可用的NR数据库，然后找一下相关的命令运行，即可得到PSSM，网上有相关的帖子，你找找吧，挺容易的！

谢谢你的回复，你能告诉我具体是输入什么样的命令会出结果吗，我在网上找了好久也没找到，麻烦你了，谢谢
赞一下 回复此楼
5楼2011-12-02 20:21:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

heapyssb

木虫 (著名写手)
怎么没人回复了，回答的具体会追加金币啊
赞一下 回复此楼
6楼2011-12-04 13:05:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

流风易逝

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

heapyssb(金币+3): 谢谢啊 2011-12-05 16:52:39
具体怎么回事我也忘了，很久之前算过一次，上面的那个是当时算的命令，你看看有没有帮助。“1” 是当时我的fasta格式的序列文件名，pssm1.txt是结果名。
赞一下 回复此楼
8楼2011-12-05 15:21:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

heapyssb

木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 流风易逝 at 2011-12-05 15:21:32:
具体怎么回事我也忘了，很久之前算过一次，上面的那个是当时算的命令，你看看有没有帮助。“1” 是当时我的fasta格式的序列文件名，pssm1.txt是结果名。

不知道是怎么回事，我在网上根本就找不到相关的资源，找到的都是以前老版本的命令，现在那些命令都变掉了，这位朋友，要是你知道在哪能找到相关命令和功能就告诉我下，谢谢了
赞一下 回复此楼
9楼2011-12-05 16:57:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

流风易逝

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by heapyssb at 2011-12-05 16:57:17:
不知道是怎么回事，我在网上根本就找不到相关的资源，找到的都是以前老版本的命令，现在那些命令都变掉了，这位朋友，要是你知道在哪能找到相关命令和功能就告诉我下，谢谢了

我上个学期算的时候，好像就是用的2.2.25版本的。这个命令都是我自己看帮助文档试出来得。我当时也是找不到相关的资源。
帮助文档就是-hlep 这个你应该知道。
赞一下 回复此楼
10楼2011-12-05 17:01:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 heapyssb 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 生物与医药调剂 +3 十七sa 2026-04-05 3/150 2026-04-05 13:28 by jp9609
[考研] 材料调剂 +11 一样YWY 2026-04-02 13/650 2026-04-04 23:10 by 无际的草原
[考研] 考研调剂 +6 15615482637 2026-04-04 6/300 2026-04-04 22:43 by yu221
[考研] 可跨专业调剂 +3 周的得地 2026-04-04 6/300 2026-04-04 22:21 by barlinike
[考研] 材料调剂 +18 一样YWY 2026-04-02 19/950 2026-04-04 22:14 by hemengdong
[考研] 材料科学与工程调剂 +19 深V宿舍吧 2026-03-30 20/1000 2026-04-04 22:13 by hemengdong
[考研] 材料专硕306英一数二 +8 z1z2z3879 2026-03-31 8/400 2026-04-04 22:08 by hemengdong
[考研] 085600调剂 +4 1amJJ 2026-04-02 4/200 2026-04-04 21:53 by hemengdong
[考研] 一志愿华北电力大学（北京），材料科学与工程学硕265，求调剂 +11 yelck 2026-04-03 12/600 2026-04-04 19:52 by dongzh2009
[考研] 292求调剂 +21 是妍子也是研子 2026-03-30 22/1100 2026-04-03 21:44 by qlm5820
[考研] 070300一志愿211，312分求调剂院校 +16 小黄鸭宝 2026-03-30 16/800 2026-04-03 19:53 by lijunpoly
[考研] 求调剂22408 288分 +5 new382 2026-04-02 5/250 2026-04-03 09:13 by 醉在风里
[考研] 283求调剂 +3 jiouuu 2026-04-02 4/200 2026-04-02 14:08 by 哒哒哒呱呱呱
[考研] 0710生物学求调剂 +9 manman511 2026-04-01 9/450 2026-04-02 10:00 by zxl830724
[考研] 286求调剂 +5 Sa67890. 2026-04-01 7/350 2026-04-01 19:50 by 6781022
[硕博家园] 考研调剂 +5 骆驼男人 2026-04-01 5/250 2026-04-01 14:28 by syjjj0321
[考研] 08工科，295，接受跨专业调剂 +6 lmnlzy 2026-03-31 6/300 2026-04-01 11:02 by 逆水乘风
[考研] 358求调剂 +3 王向阳花 2026-03-31 3/150 2026-04-01 09:56 by zzchen2000
[考研] 0710生物学求调剂！ +6 叙述文 2026-03-31 6/300 2026-04-01 09:39 by JourneyLucky
[考研] 085601一志愿西北工业大学初试346 +4 085601初试346 2026-03-30 4/200 2026-03-31 07:47 by jp9609
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭