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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » PSI-BLAST怎样输出蛋白序列的PSSM打分矩阵
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heapyssb

木虫 (著名写手)

[求助] PSI-BLAST怎样输出蛋白序列的PSSM打分矩阵

最近在研究PSSM方面的问题，新手入门，很多东西都不明白，还希望精通这方面的学者给予帮助啊。先谢谢大家了。
我在网上也找了很多相关的资料，但基本上啊是没找到我想要的。
很多人用blastpgp能得到这个pssm的打分举证，但是我在ncbi上下载本地版的blast安装后，在bin文件夹里面没有找到这个blastpgp课执行文件啊（blast版本为blast-2.2.25+）
很多文献报道PSI-BLAST得到profile（我不知道这个单词怎么翻译跟准确），那个这个profile和pssm有联系吗？
可能是我对pssm具体是指什么还不是很明白，希望能有人帮下我，具体的说明下跟怎样使用现在这个版本的blast得到被测序列的pssm值。
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1楼 2011-12-02 15:43:46
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

zhaoxw303

禁虫 (正式写手)
heapyssb(金币+2): 2011-12-02 18:53:57
本帖内容被屏蔽
2楼2011-12-02 17:36:30
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zhaoxw303

禁虫 (正式写手)
★
amisking(金币+1): 鼓励发帖交流。 2011-12-02 19:47:22
heapyssb(金币+2): 2011-12-02 20:19:52
本帖内容被屏蔽
4楼2011-12-02 19:11:07
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流风易逝

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

psiblast -in_msa 1 -out_ascii_pssm pssm1.txt -subject 1
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7楼2011-12-05 15:18:21
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普通回帖

heapyssb

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhaoxw303 at 2011-12-02 17:36:30:
blastpgp是旧版本里的一个程序，你下的是最新的版本，也可以输出PSSM矩阵！

谢谢你啦，能具体说说怎样输出pssm矩阵吗
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3楼2011-12-02 18:52:36
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heapyssb

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhaoxw303 at 2011-12-02 19:11:07:
在本地下载可用的NR数据库，然后找一下相关的命令运行，即可得到PSSM，网上有相关的帖子，你找找吧，挺容易的！

谢谢你的回复，你能告诉我具体是输入什么样的命令会出结果吗，我在网上找了好久也没找到，麻烦你了，谢谢
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5楼2011-12-02 20:21:16
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heapyssb

木虫 (著名写手)
怎么没人回复了，回答的具体会追加金币啊
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6楼2011-12-04 13:05:57
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流风易逝

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

heapyssb(金币+3): 谢谢啊 2011-12-05 16:52:39
具体怎么回事我也忘了，很久之前算过一次，上面的那个是当时算的命令，你看看有没有帮助。“1” 是当时我的fasta格式的序列文件名，pssm1.txt是结果名。
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8楼2011-12-05 15:21:32
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heapyssb

木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 流风易逝 at 2011-12-05 15:21:32:
具体怎么回事我也忘了，很久之前算过一次，上面的那个是当时算的命令，你看看有没有帮助。“1” 是当时我的fasta格式的序列文件名，pssm1.txt是结果名。

不知道是怎么回事，我在网上根本就找不到相关的资源，找到的都是以前老版本的命令，现在那些命令都变掉了，这位朋友，要是你知道在哪能找到相关命令和功能就告诉我下，谢谢了
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9楼2011-12-05 16:57:17
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流风易逝

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by heapyssb at 2011-12-05 16:57:17:
不知道是怎么回事，我在网上根本就找不到相关的资源，找到的都是以前老版本的命令，现在那些命令都变掉了，这位朋友，要是你知道在哪能找到相关命令和功能就告诉我下，谢谢了

我上个学期算的时候，好像就是用的2.2.25版本的。这个命令都是我自己看帮助文档试出来得。我当时也是找不到相关的资源。
帮助文档就是-hlep 这个你应该知道。
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10楼2011-12-05 17:01:59
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