应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 公司返回的双向测通的序列个人如何拼接啊？
101/1返回列表
查看: 5790  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

shangyufang

木虫 (小有名气)

[求助] 公司返回的双向测通的序列个人如何拼接啊？

如题，求助如何拼接序列。比如用什么软件？怎么看返回的ABI格式的图谱以决定去掉那些不可靠的序列？拼接时应该注意哪些事项等。非常感谢指教。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

基金和论文的那些事

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
sunny
1楼 2012-02-23 19:28:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

spiderboy

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
小丹木木(金币+2): 鼓励应助 2012-02-24 08:12:36
用Chromas来看峰形，用ContigExpress来做拼接。
不可靠序列通过看峰形手工切掉。
这两个软件可在此处下http://www.biomed168.com/soft-li ... D%BC%FE%CF%C2%D4%D8
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2012-02-23 23:27:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smilerion

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
seqman很好用的，比对的软件其实很多的
赞一下 回复此楼
3楼2012-02-24 04:01:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shangyufang

木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by spiderboy at 2012-02-23 23:27:57:
用Chromas来看峰形，用ContigExpress来做拼接。
不可靠序列通过看峰形手工切掉。
这两个软件可在此处下http://www.biomed168.com/soft-li ... D%BC%FE%CF%C2%D4%D8

谢谢哈，就是这个峰形的选择上不知道该去掉哪些，有的中间出现一个小的套峰，但两边峰形却很好，不知道怎么取可用的序列，唉，不好意思啊，这方面我比较弱。另外，拼接时的具体步骤能劳烦告诉一下吗？
赞一下 回复此楼
sunny
4楼2012-02-24 11:44:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

602059625

金虫 (知名作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by spiderboy at 2012-02-23 23:27:57:
用Chromas来看峰形，用ContigExpress来做拼接。
不可靠序列通过看峰形手工切掉。
这两个软件可在此处下http://www.biomed168.com/soft-li ... D%BC%FE%CF%C2%D4%D8

我要把测序图弄下来，放到文章里，要矢量的，我用bioedit线条不平滑，一段一段的
赞一下 回复此楼
[url=http://ip.WoTuLa.com][img]http://i.WoTuLa.com/note.png?name=填写姓名&say=这里填写您想说的内容。[/img][/url]
5楼2012-02-24 12:21:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maqifeng1985

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
http://deepc2.psi.iastate.edu/aat/cap/cap.html
赞一下 回复此楼
6楼2012-02-24 21:31:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zuoyue911

禁虫 (初入文坛)
感谢参与，应助指数 +1
wanhscn(金币+2): 鼓励应助！ 2012-02-25 17:19:40
本帖内容被屏蔽
7楼2012-02-25 17:03:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

da_da

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
直接打电话给公司让他给你拼就行了，双向测通应该给拼接结果的，我就是这么做的。
赞一下 回复此楼
心有多大，江湖就有多大！
8楼2012-02-26 11:16:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

spiderboy

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by shangyufang at 2012-02-24 11:44:21:
谢谢哈，就是这个峰形的选择上不知道该去掉哪些，有的中间出现一个小的套峰，但两边峰形却很好，不知道怎么取可用的序列，唉，不好意思啊，这方面我比较弱。另外，拼接时的具体步骤能劳烦告诉一下吗？

除非你的另一向测序测出来是没有干净的，否则小套峰说明有突变呗。
你对比拼接后可以用我说的那个CON软件导出序列的。
要图片的话，好像也可以导出生成的吧。也可以直接用QQ截图嘛
赞一下 回复此楼
9楼2012-02-27 12:54:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shangyufang

木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by spiderboy at 2012-02-27 12:54:46:
除非你的另一向测序测出来是没有干净的，否则小套峰说明有突变呗。
你对比拼接后可以用我说的那个CON软件导出序列的。
要图片的话，好像也可以导出生成的吧。也可以直接用QQ截图嘛

感谢感谢！
回复此楼
sunny
10楼2012-02-29 09:47:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 shangyufang 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +33 医学老男孩 2026-08-13 80/4000 2026-08-17 14:40 by yq199112088
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +3 angus9576 2026-08-17 6/300 2026-08-17 14:32 by 启萌科技
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 6GojgJvkDudM 2026-08-16 6/300 2026-08-17 13:58 by EYK67XJMj64E
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 i7NFEVbjQMM5 2026-08-16 4/200 2026-08-17 12:10 by 4GBAYCdVQoK3
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +13 archvillain 2026-08-15 25/1250 2026-08-16 20:13 by zhaosm1982
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 6/300 2026-08-16 20:07 by 奶牛小黑
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +3 Tide man 2026-08-14 3/150 2026-08-16 17:47 by jurkat.1640
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +10 majunge000 2026-08-11 12/600 2026-08-16 08:18 by xli1984
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 确定了，国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭