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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】几个序列的拼接
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駱寒

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】几个序列的拼接 已有9人参与

请问有人知道用什么软件可以实现不同序列的拼接吗？有人告诉我说bioedit可以，但我不会用，求教。
我的是rbcl片段和trnL-F片段，还有psbA片段，每个测了40个样品，现在希望把个样品的三个片段拼接起来一起分析，求教具体操作。
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我不懒
1楼 2010-10-14 11:01:06
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王会征

铁杆木虫 (著名写手)
普通的DNAman软件就可以实现拼接功能啊，关键是找好序列的连接点即重叠区域。
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2楼2010-10-14 11:42:22
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駱寒

银虫 (小有名气)
不是这个意思，是要把这几个片段连在一起。
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我不懒
3楼2010-10-14 12:14:38
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带刀猎人

新虫 (小有名气)
★
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lstt09nk:那个软件有那么厉害？ 2010-10-14 18:32:17
DNAstar，拼接，分析，构建进化树等七合一软件包，实乃居家旅行杀人必备之佳品！
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4楼2010-10-14 16:16:54
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biofuture

铁虫 (小有名气)
★ ★
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lstt09nk(金币+1):说的很在理 2010-10-14 18:32:43
cap3 可以拼接， 我掘得你做这个事的时候，应该把所有能拼接的软件 以及他们的文献都给找到， 比较一下， 找到一个最合适的 ， 而不是在这里问别人。   这种搜索能力是做科研必备。
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年轻人就应该奋斗
5楼2010-10-14 17:49:45
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lu_zl

银虫 (小有名气)
DNAMAN有专门的sequence assembly功能。
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6楼2010-10-14 19:48:52
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1949stone

荣誉版主 (知名作家)

海纳百川
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
对比一下 直接拼接
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海纳百川止于至善
7楼2010-10-14 20:13:17
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匿名

用户注销 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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8楼2012-09-25 04:02:54
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51chuguo

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主的意思是将三个基因按顺序一个个前后连接起来，不是将一个基因两端测序后，拼接起来。
在BioEdit中打开一个序列，然后将序列上方的一个菜单：Mode下拉式菜单改为Edit，将光标移动到序列的最末端，从粘贴板上粘贴你要增加的第二个序列即可。这样三个序列都前后连接到一起了。
这需要一个一个来，十分麻烦。Mega5软件支持将比对后的序列一下子全部放到另外一个比对后的序列后面。因此在序列连接（或拼接）中，用Mega5比BioEdit更好。要注意的是使用Mega5做连接时，要选择Edit/Build alignment，不能是Edit/view选项，否则不能编辑。

[ Last edited by 51chuguo on 2012-11-25 at 10:38 ]
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9楼2012-11-25 09:51:29
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122301692

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by 51chuguo at 2012-11-25 09:51:29
楼主的意思是将三个基因按顺序一个个前后连接起来，不是将一个基因两端测序后，拼接起来。
在BioEdit中打开一个序列，然后将序列上方的一个菜单：Mode下拉式菜单改为Edit，将光标移动到序列的最末端，从粘贴板上粘 ...

51chuguo前辈，能不能说一下具体操作啊？谢谢啦
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10楼2014-01-09 12:56:55
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