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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】质粒无测序引物可以测序么？
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YaYa785

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】质粒无测序引物可以测序么？ 已有13人参与

我有一个质粒，9kb左右不知道确切的序列，只有一个推测序列，是根据质粒构建的文献拼接出来的，现在我想知道完整的序列，不知道没有测序引物可不可以测序？还是说要自己设计测序引物，如果要设计测序引物，一个测序反应可以测800bp，那我是不是至少得要9个引物？
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1楼 2011-02-22 15:33:38
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susizheng

木虫 (著名写手)

我們是糖 甜到憂傷
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scelab(金币+2): 谢谢交流 2011-02-22 16:02:47

有一个推测序列，设计出一条引物应该不成问题吧。要测通的话，估计10多个反应是难免的。
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Thank-you，so-blue.
2楼2011-02-22 16:00:57
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YaYa785

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by susizheng at 2011-02-22 08:00:57:
有一个推测序列，设计出一条引物应该不成问题吧。要测通的话，估计10多个反应是难免的。

问题就出在设计引物上，我用引物设计软件试了一下，设计出来的引物都是集中在一段序列上，其他部分设计出来的都不太好，引物自身配对的多...测序的话引物是不是不需要成对的？
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3楼2011-02-22 17:23:28
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cxt86

金虫 (小有名气)
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amisking(金币+1): 鼓励发帖交流。 2011-02-22 19:59:12

可以单向测通吧，给公司一个你设计的引物
剩下的就交给公司做吧。。。可以先咨询下测序公司
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4楼2011-02-22 18:06:48
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susizheng

木虫 (著名写手)

我們是糖 甜到憂傷
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amisking(金币+1): 鼓励发帖交流。 2011-02-22 19:59:17
引用回帖:
Originally posted by YaYa785 at 2011-02-22 09:23:28:
问题就出在设计引物上，我用引物设计软件试了一下，设计出来的引物都是集中在一段序列上，其他部分设计出来的都不太好，引物自身配对的多...测序的话引物是不是不需要成对的？

知道序列的话，引物设计没那么讲究，我都是手动设计的，20+bp的配对，一般不会出什么问题。
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Thank-you，so-blue.
5楼2011-02-22 19:53:19
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天涯萧客

金虫 (正式写手)

放羊大叔
★
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质粒名称知道吧。直接告诉公司载体名称，然后写上引物通用就可以了呀
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100年后地球照样转
6楼2011-02-23 10:53:46
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sutao1979

木虫 (著名写手)

小木虫10年groupleader
★ ★ ★
dhd997(金币+3): good 2011-02-24 09:11:35
就是把质粒测通吧，没有必要啊，找找有没有这个空载的信息，然后用specific引物测，挺容易的啊。如果想测通那就多几个反应，让公司给你合成引物，或者你看测序的report sequence你自己设计，也可以
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会当凌绝顶，一览众山小
7楼2011-02-23 23:45:02
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世外清风

铁杆木虫 (职业作家)
★
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引用回帖:
Originally posted by YaYa785 at 2011-02-22 17:23:28:
问题就出在设计引物上，我用引物设计软件试了一下，设计出来的引物都是集中在一段序列上，其他部分设计出来的都不太好，引物自身配对的多...测序的话引物是不是不需要成对的？

测序引物要求低，不是PCR，没问题的！直接给公司做也行
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8楼2011-02-24 01:01:34
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zhangxn2010

木虫 (著名写手)

让一切随风飞翔
★
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一般的出发质粒都有原始模板的，测序公司都有相应的通用引物
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一直向前！
9楼2011-02-24 08:11:57
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xingxing342

银虫 (小有名气)
★
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会用通用引物给你测的，你咨询一下测序公司就行了。
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10楼2011-02-24 09:32:44
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