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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】已知基因序列如何克隆获得
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xiaoru2010

[交流] 【求助/交流】已知基因序列如何克隆获得 已有8人参与

已知某材料的某基因序列，含3'端尾巴。
      问题1。如何判断该序列是否含有5'端帽子？
     问题2.如果含有，怎么克隆获得该基因？
      老板说不做RACE也可以扩出来，有没有高手支招？多谢啦！！！！
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1楼 2010-05-13 17:54:46
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
★ ★
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lstt09nk(金币+1):欢迎多多交流~~ 2010-05-13 22:17:42
问题1 查一下阅读框，看看包不包含ATG，是否是完整的阅读框
也可以直接blast比对，也许就有同源基因的序列，如果和同源基因一样长，或者更长，就肯定到头了
问题2 如果具有完整的阅读框，就设计包含阅读框的引物进行扩增，可拿到完整的阅读框
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3楼2010-05-13 20:17:07
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changes

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
有cDNA全长文库的话就好了，现在大家怎么都喜欢做RACE呢，构建个文库不更好吗？效率高，一个实验室都可用。
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4楼2010-05-13 22:08:50
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by changes at 2010-05-13 22:08:50:
有cDNA全长文库的话就好了，现在大家怎么都喜欢做RACE呢，构建个文库不更好吗？效率高，一个实验室都可用。

建个文库，就能得到想要的基因吗？未必吧，范围太大，花钱太多，目的基因却不能确定获得，而且获得的序列也不是全长，想得到全长，最后还是要走到RACE之类的实验上来
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5楼2010-05-13 22:53:44
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
★
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一头一尾设引物直接扩~
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2楼2010-05-13 19:09:50
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zcqcau

铁杆木虫 (著名写手)
如果已经有人知道全长了，那你就直接克隆开放阅读框就可以了啊！！非编码区你克隆了也没有什么意思啊
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将有能量帮助他人作为自己的人生追求！
6楼2010-05-13 23:55:01
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changes

木虫 (正式写手)
★
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Originally posted by yujiaping1 at 2010-05-13 22:53:44:

建个文库，就能得到想要的基因吗？未必吧，范围太大，花钱太多，目的基因却不能确定获得，而且获得的序列也不是全长，想得到全长，最后还是要走到RACE之类的实验上来

现在建一个cDNA全长文库公司做的话是3万左右吧。
我觉得文库的优点是你可以通过后续的筛库（杂交或同源克隆等）的策略克隆得到你想要的一类基因（可能许多个同源基因），至于是否是全长呢，一是看你的基因大小；另外就是文库的质量了。不行的话就拼接相关序列吧，回到了类似楼主的问题了。
另外，有了文库，也可以做其他的基因，大家都能用。
个人观点，欢迎讨论。
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7楼2010-05-13 23:59:01
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xiaoru2010

引用回帖:
Originally posted by 三磷酸腺苷 at 2010-05-13 19:09:50:
一头一尾设引物直接扩~

关键是头和尾的引物怎么设计都不符合原则，老板说可以随便加几个碱基，只要符合设计原则就行，您觉得可行吗？就用一般的PCR做的出来吗？谢谢！
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8楼2010-05-14 07:31:23
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xiaoru2010

引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-05-13 20:17:07:
问题1 查一下阅读框，看看包不包含ATG，是否是完整的阅读框
也可以直接blast比对，也许就有同源基因的序列，如果和同源基因一样长，或者更长，就肯定到头了
问题2 如果具有完整的阅读框，就设计包含阅读框的引物 ...

多谢了，我会试试的，如果含有完整的阅读框用一般的PCR能扩出来吗？
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9楼2010-05-14 07:33:23
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xiaoru2010

引用回帖:
Originally posted by zcqcau at 2010-05-13 23:55:01:
如果已经有人知道全长了，那你就直接克隆开放阅读框就可以了啊！！非编码区你克隆了也没有什么意思啊

请问这个用一般的PCR能扩出来吗？不用做RACE吧？
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10楼2010-05-14 07:34:45
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