应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 公司返回的双向测通的序列个人如何拼接啊？
101/1返回列表
查看: 5425  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

shangyufang

木虫 (小有名气)

[求助] 公司返回的双向测通的序列个人如何拼接啊？

如题，求助如何拼接序列。比如用什么软件？怎么看返回的ABI格式的图谱以决定去掉那些不可靠的序列？拼接时应该注意哪些事项等。非常感谢指教。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

基金和论文的那些事

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
sunny
1楼 2012-02-23 19:28:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

spiderboy

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
小丹木木(金币+2): 鼓励应助 2012-02-24 08:12:36
用Chromas来看峰形，用ContigExpress来做拼接。
不可靠序列通过看峰形手工切掉。
这两个软件可在此处下http://www.biomed168.com/soft-li ... D%BC%FE%CF%C2%D4%D8
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2012-02-23 23:27:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smilerion

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
seqman很好用的，比对的软件其实很多的
赞一下 回复此楼
3楼2012-02-24 04:01:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shangyufang

木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by spiderboy at 2012-02-23 23:27:57:
用Chromas来看峰形，用ContigExpress来做拼接。
不可靠序列通过看峰形手工切掉。
这两个软件可在此处下http://www.biomed168.com/soft-li ... D%BC%FE%CF%C2%D4%D8

谢谢哈，就是这个峰形的选择上不知道该去掉哪些，有的中间出现一个小的套峰，但两边峰形却很好，不知道怎么取可用的序列，唉，不好意思啊，这方面我比较弱。另外，拼接时的具体步骤能劳烦告诉一下吗？
赞一下 回复此楼
sunny
4楼2012-02-24 11:44:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

602059625

金虫 (知名作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by spiderboy at 2012-02-23 23:27:57:
用Chromas来看峰形，用ContigExpress来做拼接。
不可靠序列通过看峰形手工切掉。
这两个软件可在此处下http://www.biomed168.com/soft-li ... D%BC%FE%CF%C2%D4%D8

我要把测序图弄下来，放到文章里，要矢量的，我用bioedit线条不平滑，一段一段的
赞一下 回复此楼
[url=http://ip.WoTuLa.com][img]http://i.WoTuLa.com/note.png?name=填写姓名&say=这里填写您想说的内容。[/img][/url]
5楼2012-02-24 12:21:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maqifeng1985

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
http://deepc2.psi.iastate.edu/aat/cap/cap.html
赞一下 回复此楼
6楼2012-02-24 21:31:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zuoyue911

禁虫 (初入文坛)
感谢参与，应助指数 +1
wanhscn(金币+2): 鼓励应助！ 2012-02-25 17:19:40
本帖内容被屏蔽
7楼2012-02-25 17:03:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

da_da

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
直接打电话给公司让他给你拼就行了，双向测通应该给拼接结果的，我就是这么做的。
赞一下 回复此楼
心有多大，江湖就有多大！
8楼2012-02-26 11:16:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

spiderboy

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by shangyufang at 2012-02-24 11:44:21:
谢谢哈，就是这个峰形的选择上不知道该去掉哪些，有的中间出现一个小的套峰，但两边峰形却很好，不知道怎么取可用的序列，唉，不好意思啊，这方面我比较弱。另外，拼接时的具体步骤能劳烦告诉一下吗？

除非你的另一向测序测出来是没有干净的，否则小套峰说明有突变呗。
你对比拼接后可以用我说的那个CON软件导出序列的。
要图片的话，好像也可以导出生成的吧。也可以直接用QQ截图嘛
赞一下 回复此楼
9楼2012-02-27 12:54:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shangyufang

木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by spiderboy at 2012-02-27 12:54:46:
除非你的另一向测序测出来是没有干净的，否则小套峰说明有突变呗。
你对比拼接后可以用我说的那个CON软件导出序列的。
要图片的话，好像也可以导出生成的吧。也可以直接用QQ截图嘛

感谢感谢！
回复此楼
sunny
10楼2012-02-29 09:47:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 shangyufang 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085600材料与化工调剂 324分 +7 llllkkkhh 2026-03-18 7/350 2026-03-18 17:18 by 216的故事
[考研] 266求调剂 +5 阳阳哇塞 2026-03-14 9/450 2026-03-18 15:05 by stone_128
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +5 梨花珞晚风 2026-03-17 5/250 2026-03-18 14:49 by haxia
[考研] 311求调剂 +6 26研0 2026-03-15 6/300 2026-03-18 14:43 by haxia
[考研] 0854可跨调剂，一作一项核心论文五项专利，省、国级证书40+数一英一287 +8 小李0854 2026-03-16 8/400 2026-03-18 14:35 by 搏击518
[考研] 297求调剂 +8 戏精丹丹丹 2026-03-17 8/400 2026-03-18 14:30 by laoshidan
[考研] 收复试调剂生 +4 雨后秋荷 2026-03-18 4/200 2026-03-18 14:16 by elevennnne
[考研] 296求调剂 +5 大口吃饭 身体健 2026-03-13 5/250 2026-03-17 21:05 by 不惑可乐
[考研] 材料与化工专硕调剂 +5 heming3743 2026-03-16 5/250 2026-03-17 14:03 by 勇敢太监王公公
[考研] 211本，11408一志愿中科院277分，曾在中科院自动化所实习 +6 Losir 2026-03-12 7/350 2026-03-17 12:09 by danranxie
[考研] 275求调剂 +4 太阳花天天开心 2026-03-16 4/200 2026-03-17 10:53 by 功夫疯狂
[考研] 一志愿，福州大学材料专硕339分求调剂 +3 木子momo青争 2026-03-15 3/150 2026-03-17 07:52 by laoshidan
[考研] 0703化学调剂，求各位老师收留 +8 秋有木北 2026-03-14 8/400 2026-03-16 15:21 by 哦哦123
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历，论文在投 +7 腻腻gk 2026-03-14 7/350 2026-03-16 10:12 by houyaoxu
[考研] 求老师收留调剂 +4 jiang姜66 2026-03-14 5/250 2026-03-15 20:11 by Winj1e
[考博] 东华理工大学化材专业26届硕士博士申请 +6 zlingli 2026-03-13 6/300 2026-03-15 20:00 by ryzcf
[考研] 294求调剂 +3 Zys010410@ 2026-03-13 4/200 2026-03-15 10:59 by zhq0425
[考研] 求调剂 +7 18880831720 2026-03-11 7/350 2026-03-13 16:10 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-12 3/150 2026-03-13 14:30 by 求调剂zz
[考研] 0817化学工程与技术考研312分调剂 +3 T123 tt 2026-03-12 3/150 2026-03-13 10:49 by houyaoxu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭