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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 公司返回的双向测通的序列个人如何拼接啊？
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shangyufang

木虫 (小有名气)

[求助] 公司返回的双向测通的序列个人如何拼接啊？

如题，求助如何拼接序列。比如用什么软件？怎么看返回的ABI格式的图谱以决定去掉那些不可靠的序列？拼接时应该注意哪些事项等。非常感谢指教。
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sunny
1楼 2012-02-23 19:28:14
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spiderboy

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
小丹木木(金币+2): 鼓励应助 2012-02-24 08:12:36
用Chromas来看峰形，用ContigExpress来做拼接。
不可靠序列通过看峰形手工切掉。
这两个软件可在此处下http://www.biomed168.com/soft-li ... D%BC%FE%CF%C2%D4%D8
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2楼2012-02-23 23:27:57
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smilerion

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
seqman很好用的，比对的软件其实很多的
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3楼2012-02-24 04:01:22
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shangyufang

木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by spiderboy at 2012-02-23 23:27:57:
用Chromas来看峰形，用ContigExpress来做拼接。
不可靠序列通过看峰形手工切掉。
这两个软件可在此处下http://www.biomed168.com/soft-li ... D%BC%FE%CF%C2%D4%D8

谢谢哈，就是这个峰形的选择上不知道该去掉哪些，有的中间出现一个小的套峰，但两边峰形却很好，不知道怎么取可用的序列，唉，不好意思啊，这方面我比较弱。另外，拼接时的具体步骤能劳烦告诉一下吗？
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sunny
4楼2012-02-24 11:44:21
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602059625

金虫 (知名作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by spiderboy at 2012-02-23 23:27:57:
用Chromas来看峰形，用ContigExpress来做拼接。
不可靠序列通过看峰形手工切掉。
这两个软件可在此处下http://www.biomed168.com/soft-li ... D%BC%FE%CF%C2%D4%D8

我要把测序图弄下来，放到文章里，要矢量的，我用bioedit线条不平滑，一段一段的
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[url=http://ip.WoTuLa.com][img]http://i.WoTuLa.com/note.png?name=填写姓名&say=这里填写您想说的内容。[/img][/url]
5楼2012-02-24 12:21:38
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maqifeng1985

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
http://deepc2.psi.iastate.edu/aat/cap/cap.html
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6楼2012-02-24 21:31:57
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zuoyue911

禁虫 (初入文坛)
感谢参与，应助指数 +1
wanhscn(金币+2): 鼓励应助！ 2012-02-25 17:19:40
本帖内容被屏蔽
7楼2012-02-25 17:03:06
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da_da

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
直接打电话给公司让他给你拼就行了，双向测通应该给拼接结果的，我就是这么做的。
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心有多大，江湖就有多大！
8楼2012-02-26 11:16:24
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spiderboy

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by shangyufang at 2012-02-24 11:44:21:
谢谢哈，就是这个峰形的选择上不知道该去掉哪些，有的中间出现一个小的套峰，但两边峰形却很好，不知道怎么取可用的序列，唉，不好意思啊，这方面我比较弱。另外，拼接时的具体步骤能劳烦告诉一下吗？

除非你的另一向测序测出来是没有干净的，否则小套峰说明有突变呗。
你对比拼接后可以用我说的那个CON软件导出序列的。
要图片的话，好像也可以导出生成的吧。也可以直接用QQ截图嘛
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9楼2012-02-27 12:54:46
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shangyufang

木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by spiderboy at 2012-02-27 12:54:46:
除非你的另一向测序测出来是没有干净的，否则小套峰说明有突变呗。
你对比拼接后可以用我说的那个CON软件导出序列的。
要图片的话，好像也可以导出生成的吧。也可以直接用QQ截图嘛

感谢感谢！
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sunny
10楼2012-02-29 09:47:53
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