| 查看: 3089 | 回复: 13 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
heapyssb木虫 (著名写手)
|
[求助]
PSI-BLAST怎样输出蛋白序列的PSSM打分矩阵
|
|||
|
最近在研究PSSM方面的问题，新手入门，很多东西都不明白，还希望精通这方面的学者给予帮助啊。先谢谢大家了。 我在网上也找了很多相关的资料，但基本上啊是没找到我想要的。 很多人用blastpgp能得到这个pssm的打分举证，但是我在ncbi上下载本地版的blast安装后，在bin文件夹里面没有找到这个blastpgp课执行文件啊（blast版本为blast-2.2.25+） 很多文献报道PSI-BLAST得到profile（我不知道这个单词怎么翻译跟准确），那个这个profile和pssm有联系吗？ 可能是我对pssm具体是指什么还不是很明白，希望能有人帮下我，具体的说明下跟怎样使用现在这个版本的blast得到被测序列的pssm值。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 工具 | source |
» 猜你喜欢
论文终于录用啦！满足毕业条件了
已经有12人回复
-
2025年遐想
已经有4人回复
-
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球
已经有8人回复
-
求个博导看看
已经有18人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 一条成熟mRNA可否翻译两条蛋白？
已经有9人回复
- 研究细胞信号转导通路，建立细胞系，是否一定要敲出细胞内源性蛋白分子？
已经有8人回复
- 为什么用胰蛋白酶消化细胞？
已经有6人回复
- 用SwissModel预测只能得到蛋白质的一大部分的三维结构，why？
已经有14人回复
- 组氨酸标签重组蛋白纯化
已经有10人回复
- 公司返回的双向测通的序列个人如何拼接啊？
已经有9人回复
- 蛋白质二级结构预测
已经有9人回复
- SDS裂解获得的蛋白可否用于IP
已经有5人回复
- 如何得到一个奇异矩阵的线性无关的行号
已经有3人回复
- 请问如何编写一个能进行序列比对的小软件？
已经有4人回复
- 请教用molpro打印氢分子离子的重叠积矩阵、单电子积分矩阵、偶极矩阵
已经有3人回复
- 菜鸟求助——着急求助解答：在NCBI上为什么下载不了FASTA格式的基因序列
已经有9人回复
- 榛子蛋白提取方法
已经有12人回复
heapyssb
木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 4135.8
- 散金: 3994
- 红花: 28
- 帖子: 1190
- 在线: 225.9小时
- 虫号: 972530
- 注册: 2010-03-16
- 专业: 生物信息学
3楼2011-12-02 18:52:36
heapyssb
木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 4135.8
- 散金: 3994
- 红花: 28
- 帖子: 1190
- 在线: 225.9小时
- 虫号: 972530
- 注册: 2010-03-16
- 专业: 生物信息学
5楼2011-12-02 20:21:16
heapyssb
木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 4135.8
- 散金: 3994
- 红花: 28
- 帖子: 1190
- 在线: 225.9小时
- 虫号: 972530
- 注册: 2010-03-16
- 专业: 生物信息学
6楼2011-12-04 13:05:57
heapyssb
木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 4135.8
- 散金: 3994
- 红花: 28
- 帖子: 1190
- 在线: 225.9小时
- 虫号: 972530
- 注册: 2010-03-16
- 专业: 生物信息学
9楼2011-12-05 16:57:17
heapyssb
木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 4135.8
- 散金: 3994
- 红花: 28
- 帖子: 1190
- 在线: 225.9小时
- 虫号: 972530
- 注册: 2010-03-16
- 专业: 生物信息学
11楼2011-12-05 17:18:09