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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 【求助/交流】如何用NCBI的BLAST来找到一个基因的保守序列?
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biofeixue

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】如何用NCBI的BLAST来找到一个基因的保守序列?

本人没有做过分子,所以来问一个很菜的问题.如何用NCBI的BLAST来找到一个基因的保守序列?如下列基因:
本人比较笨,请用图来说明,谢谢!
Arabidopsis thaliana TUB2; GTP binding / GTPase/ structural molecule (TUB2) mRNA, complete cds
1 aaacacagag aggagtgagc aataataaaa gctcactcac tcacactttt attcatttct
       61 ctgaaaaccc ttaaatctcc ggatttcgat tcccgaggct cgaaaaaacc ctaaatctct
      121 tctccgttca ctcatccaac cgaagatgcg tgagattctt cacatccagg gtggtcaatg
      181 cggtaaccag atcggcgcca agttctggga agtggtttgc gccgagcacg gcatcgatcc
      241 aaccggaagg tacaccggag actcagatct gcaacttgag cgcatcaacg tttactacaa
      301 tgaagcgagt tgcggtagat tcgttcctcg tgcagtgctc atggatttgg agcctgggac
      361 tatggatagt ctcagatctg gaccgtacgg tcagaccttt cgacctgata acttcgtctt
      421 tggccaatcc ggtgctggta acaactgggc caagggacac tacacggaag gagctgaact
      481 aatcgattcc gttctcgatg ttgttcgtaa ggaagctgag aactgtgact gtctccaagg
      541 gttccaggtt tgtcactcgt tgggaggagg aactggatct ggtatgggaa cattgttgat
      601 ctctaagatc cgtgaagagt acccagatcg catgatgctt accttctcgg tgttcccttc
      661 accaaaggtt tctgatactg tggttgagcc ttacaacgct actctgtctg tccatcagct
      721 tgttgagaat gctgatgagt gcatggttct tgataatgag gccttgtacg atatttgctt
      781 caggactctc aaactcacta cccccagctt tggtgatttg aaccacttga tttctgctac
      841 tatgtctggt gtgacttgct gtctgaggtt ccctggtcaa ctcaactctg acctccgaaa
      901 gcttgctgtg aatctcatcc cattcccccg tcttcacttc ttcatggtgg gttttgctcc
      961 tctcacctca agaggttctc agcagtaccg ttccctcaca gtccctgagc tcacccagca
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     1261 atcaatccaa gagatgttca ggcgagtgag tgagcagttc acagctatgt tcaggagaaa
     1321 ggctttcttg cattggtaca caggtgaggg aatggacgag atggaattca cagaagcgga
     1381 gagcaacatg aacgatcttg tgtcagagta ccagcaatac caagatgcaa ctgcggatga
     1441 agaaggtgac tacgaggatg aggaagaagg tgaatatcaa caggaggaag agtactgaga
     1501 ataatttagt tataactgct ttaaaaacaa aaacaattta gtcgtttgct acttttcttt
     1561 tttttaaaag gaacacctca actaccagtt gtagtttttt tctctgcttg tatttgacat
     1621 atctggttga tgtttctgta cttttgttct taatcttgtt attgcctgtg atgtttctat
     1681 taatattttc cagttgtact gtcttcaatc tttggtcttc tatcct
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zytandlzy

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1楼 2011-04-04 05:54:32
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游侠892

铁杆木虫 (著名写手)
★
1949stone(金币+1): 貌似可以 2011-04-04 09:44:41
biofeixue(金币+3): 2011-04-05 04:28:25
个人愚见：Genscan后对氨基酸再进行BlastP，就可以知道保守序列了。不知道是不是对的？也请高人指点
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2楼2011-04-04 08:55:14
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caolvchong

银虫 (小有名气)
★
1949stone(金币+1): 可以 2011-04-04 14:10:55
biofeixue(金币+2): 2011-04-05 04:28:17
应该是找到不同物种的这个基因序列，做比对，就能找到保守序列了
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3楼2011-04-04 12:08:54
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
★ ★ ★
biofeixue(金币+5): 2011-04-05 04:28:07
dhd997(金币+3): 热心 2011-04-05 08:48:57
看看这个是不是你要的：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Stru ... p;SEQUENCE=18424620
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4楼2011-04-04 19:11:27
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merely

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by 西瓜 at 2011-04-04 19:11:27:
看看这个是不是你要的：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Stru ... p;SEQUENCE=18424620

请问这个具体是怎么看的，我们不懂的，看着很茫然。非常感谢您的不吝赐教！
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-04-18 15:05:22
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fangni

新虫 (正式写手)
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6楼2012-03-05 22:59:42
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柚在淮北

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
西瓜: , 可以再发个帖哈 2012-04-01 17:30:59
我也想问问 做序列的内含子分析如果用vector NTI 的话，也是一样用BLAST的功能来找到保守序列？等于就是找到的内含子的头和尾了？
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7楼2012-04-01 09:59:48
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飞鸟009

银虫 (小有名气)
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8楼2012-12-09 16:58:43
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zytandlzy

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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如何用NCBI的BLAST来找到一个基因的保守序列?
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9楼2013-01-30 12:59:20
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青色玉

新虫 (初入文坛)
*****
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10楼2013-03-07 21:06:41
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308047410

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by merely at 2011-04-18 15:05:22
请问这个具体是怎么看的，我们不懂的，看着很茫然。非常感谢您的不吝赐教！...

请问楼主问题解决了吗？我也想知道怎么找保守序列，谢谢了
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11楼2015-04-17 22:10:42
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爱笑的芳宝8

新虫 (初入文坛)
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12楼2017-02-17 17:25:40
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