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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » NCBI中的BLAST使用
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yeshui

铁虫 (小有名气)

[求助] NCBI中的BLAST使用

我想查一下某种蛋白在哪些菌中存在，要使用NCBI中BLAST，但是不知道怎么做，希望亲们指点啊，谢谢哦，详细点哦
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1楼 2011-10-18 20:17:29
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
西瓜(金币+2): Good！ 2011-10-19 18:33:17
进NCBI点BLAST，选择protein blast，把你的蛋白序列输入进去，点Algorithm parameters改变参数，点BLAST，出结果。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

yeshui
2楼2011-10-19 07:51:23
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yeshui

铁虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by lxj341401 at 2011-10-19 07:51:23:
进NCBI点BLAST，选择protein blast，把你的蛋白序列输入进去，点Algorithm parameters改变参数，点BLAST，出结果。

我所知道的是蛋白的核苷酸序列，怎么做呢？是不是输入核苷酸序列，然后选择others数据库的nr，然后点blast呢？
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3楼2011-10-19 11:18:17
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by yeshui at 2011-10-19 11:18:17:
我所知道的是蛋白的核苷酸序列，怎么做呢？是不是输入核苷酸序列，然后选择others数据库的nr，然后点blast呢？

用blastx可以的。
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4楼2011-10-19 17:48:09
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cloverplm

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

核苷酸序列翻译成蛋白序列不就OK~\(≧▽≦)/~啦啦啦
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净——静——竞——进
5楼2011-10-19 22:42:50
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yeshui

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by cloverplm at 2011-10-19 22:42:50:
核苷酸序列翻译成蛋白序列不就OK~\(≧▽≦)/~啦啦啦

那样会很麻烦啊
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6楼2011-10-21 14:53:18
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cloverplm

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by yeshui at 2011-10-21 14:53:18:
那样会很麻烦啊


蛋白序列核核苷酸序列都可以直接blast 的，选好参数就可以，还有我实在想不通核苷酸翻译成蛋白有多复杂，那么多生物软件干嘛用的呢？
飘过
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净——静——竞——进
7楼2011-10-21 16:41:04
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blastfeng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你使用SWSS使用比较好，是最大的蛋白质数据库
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生活就像PCR
8楼2011-10-21 21:49:23
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根

【答案】应助回帖

yeshui(金币+5): 2011-10-22 18:41:49
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3330923
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真相是最大的奢侈品
9楼2011-10-22 10:29:51
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yeshui

铁虫 (小有名气)
wanhscn: 重新下载试试看! 2011-10-22 21:22:40
引用回帖:
9楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-22 10:29:51:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3330923

怎么下到27%就不动了呢？
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2011-10-22 19:04:41
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