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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】引物设计的 序列选择问题
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xwsooo

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】引物设计的 序列选择问题

各位虫虫好，我现在正在设计引物，也找了一些资料看，现在有一点疑惑:
使用primer5.0软件打开 DNA NEW SEQUENCE，这个序列是指基因的CDS ,还是mRNA,还是fasta sequcence 呢？
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1楼2010-12-05 11:11:53
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yuanzhiqin.119

至尊木虫 (著名写手)
应该是直接的DNA序列，而不是mRNA
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2楼2010-12-05 12:17:39
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xwsooo

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yuanzhiqin.119 at 2010-12-05 12:17:39:
应该是直接的DNA序列，而不是mRNA

可是我看到就在这个版块里的引物设计专题中巢式pcr的引物设计就有用到mRNA序列的啊。。。
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3楼2010-12-05 15:52:14
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hyw1989960

木虫 (正式写手)
xwsooo(金币+1):谢谢交流 2010-12-05 16:58:49
CDS和mRNA序列是一样的，ncbi中mRNA序列没有U都是用T代替的。所以设计引物时两者都行
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4楼2010-12-05 16:52:24
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hyw1989960

木虫 (正式写手)
xwsooo(金币+1):谢谢 2010-12-05 16:59:08
mRNA其实比CDS要长一些，因为MRNA中还有调控区，中间的从起始密码子到终止密码子就是CDS序列
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5楼2010-12-05 16:54:31
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xwsooo

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by hyw1989960 at 2010-12-05 16:54:31:
mRNA其实比CDS要长一些，因为MRNA中还有调控区，中间的从起始密码子到终止密码子就是CDS序列

我师姐做普通PCR时 用的是fasta 序列，这又有什么区别呢？
那如果设计AS-PCR的引物应该用什么序列呢？
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6楼2010-12-05 17:02:58
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hyw1989960

木虫 (正式写手)
★ ★
rainwander(金币+2):欢迎积极参与交流。 2010-12-05 17:47:11
xwsooo(金币+1): 2010-12-05 19:53:01
引用回帖:
Originally posted by xwsooo at 2010-12-05 17:02:58:


我师姐做普通PCR时 用的是fasta 序列，这又有什么区别呢？
那如果设计AS-PCR的引物应该用什么序列呢？

fasta序列格式是blast组织数据的基本格式，无论是数据库还是查询序列，大多数情况都使用fasta序列格式，如：>gi|187608668|ref|NM_001043364.2| Bombyx mori moricin (Mor), mRNA
http://apps.hi.baidu.com/share/d ... DNA序列还是基因序列
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7楼2010-12-05 17:10:00
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xwsooo

银虫 (小有名气)
"PCR要看你要扩的是基因的CDNA序列还是基因序列"这句话什么意思呢？
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8楼2010-12-05 19:54:41
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xwsooo

银虫 (小有名气)
还很迷茫啊 。。。。
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9楼2010-12-06 08:36:32
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tsingo

金虫 (正式写手)
xwsooo(金币+1):谢谢 2010-12-06 15:38:42
xwsooo(金币+1): 2010-12-07 18:59:45
fasta是保存序列的格式，序列软件可以识别，你也可以保存为txt格式或其他的格式。
具体序列要看你做什么了，做原核表达一般是要基因序列中不含内含子，所以，你要的基因若来自真核生物就需要mRNA，如果来自原核就直接基因组DNA序列就可以了
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10楼2010-12-06 12:58:51
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