应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】引物设计的 序列选择问题
101/1返回列表
查看: 1900  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xwsooo

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】引物设计的 序列选择问题

各位虫虫好，我现在正在设计引物，也找了一些资料看，现在有一点疑惑:
使用primer5.0软件打开 DNA NEW SEQUENCE，这个序列是指基因的CDS ,还是mRNA,还是fasta sequcence 呢？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2010-12-05 11:11:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuanzhiqin.119

至尊木虫 (著名写手)
应该是直接的DNA序列，而不是mRNA
赞一下 回复此楼
2楼2010-12-05 12:17:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xwsooo

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yuanzhiqin.119 at 2010-12-05 12:17:39:
应该是直接的DNA序列，而不是mRNA

可是我看到就在这个版块里的引物设计专题中巢式pcr的引物设计就有用到mRNA序列的啊。。。
赞一下 回复此楼
3楼2010-12-05 15:52:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hyw1989960

木虫 (正式写手)
xwsooo(金币+1):谢谢交流 2010-12-05 16:58:49
CDS和mRNA序列是一样的，ncbi中mRNA序列没有U都是用T代替的。所以设计引物时两者都行
赞一下 回复此楼
4楼2010-12-05 16:52:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hyw1989960

木虫 (正式写手)
xwsooo(金币+1):谢谢 2010-12-05 16:59:08
mRNA其实比CDS要长一些，因为MRNA中还有调控区，中间的从起始密码子到终止密码子就是CDS序列
赞一下 回复此楼
5楼2010-12-05 16:54:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xwsooo

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by hyw1989960 at 2010-12-05 16:54:31:
mRNA其实比CDS要长一些，因为MRNA中还有调控区，中间的从起始密码子到终止密码子就是CDS序列

我师姐做普通PCR时 用的是fasta 序列，这又有什么区别呢？
那如果设计AS-PCR的引物应该用什么序列呢？
赞一下 回复此楼
6楼2010-12-05 17:02:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hyw1989960

木虫 (正式写手)
★ ★
rainwander(金币+2):欢迎积极参与交流。 2010-12-05 17:47:11
xwsooo(金币+1): 2010-12-05 19:53:01
引用回帖:
Originally posted by xwsooo at 2010-12-05 17:02:58:


我师姐做普通PCR时 用的是fasta 序列，这又有什么区别呢？
那如果设计AS-PCR的引物应该用什么序列呢？

fasta序列格式是blast组织数据的基本格式，无论是数据库还是查询序列，大多数情况都使用fasta序列格式，如：>gi|187608668|ref|NM_001043364.2| Bombyx mori moricin (Mor), mRNA
http://apps.hi.baidu.com/share/d ... DNA序列还是基因序列
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2010-12-05 17:10:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xwsooo

银虫 (小有名气)
"PCR要看你要扩的是基因的CDNA序列还是基因序列"这句话什么意思呢？
赞一下 回复此楼
8楼2010-12-05 19:54:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xwsooo

银虫 (小有名气)
还很迷茫啊 。。。。
回复此楼
9楼2010-12-06 08:36:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tsingo

金虫 (正式写手)
xwsooo(金币+1):谢谢 2010-12-06 15:38:42
xwsooo(金币+1): 2010-12-07 18:59:45
fasta是保存序列的格式，序列软件可以识别，你也可以保存为txt格式或其他的格式。
具体序列要看你做什么了，做原核表达一般是要基因序列中不含内含子，所以，你要的基因若来自真核生物就需要mRNA，如果来自原核就直接基因组DNA序列就可以了
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2010-12-06 12:58:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xwsooo 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭