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【求助/交流】引物设计的 序列选择问题
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xwsooo
银虫
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虫号: 1014771
[交流]
【求助/交流】引物设计的 序列选择问题
各位虫虫好,我现在正在设计引物,也找了一些资料看,现在有一点疑惑:
使用primer5.0软件打开 DNA NEW SEQUENCE,这个序列是指基因的CDS ,还是mRNA,还是fasta sequcence 呢?
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2010-12-05 11:11:53
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Originally posted by
hyw1989960
at 2010-12-05 16:54:31:
mRNA其实比CDS要长一些,因为MRNA中还有调控区,中间的从起始密码子到终止密码子就是CDS序列
我师姐做普通PCR时 用的是fasta 序列,这又有什么区别呢?
那如果设计AS-PCR的引物应该用什么序列呢?
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6楼
2010-12-05 17:02:58
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yuanzhiqin.119
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应该是直接的DNA序列,而不是mRNA
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2楼
2010-12-05 12:17:39
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引用回帖:
Originally posted by
yuanzhiqin.119
at 2010-12-05 12:17:39:
应该是直接的DNA序列,而不是mRNA
可是我看到就在这个版块里的引物设计专题中巢式pcr的引物设计就有用到mRNA序列的啊。。。
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3楼
2010-12-05 15:52:14
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hyw1989960
木虫
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xwsooo(金币+1):谢谢交流 2010-12-05 16:58:49
CDS和mRNA序列是一样的,ncbi中mRNA序列没有U都是用T代替的。所以设计引物时两者都行
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4楼
2010-12-05 16:52:24
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