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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】引物设计的 序列选择问题
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xwsooo

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】引物设计的 序列选择问题

各位虫虫好，我现在正在设计引物，也找了一些资料看，现在有一点疑惑:
使用primer5.0软件打开 DNA NEW SEQUENCE，这个序列是指基因的CDS ,还是mRNA,还是fasta sequcence 呢？
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1楼 2010-12-05 11:11:53
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xwsooo

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by hyw1989960 at 2010-12-05 16:54:31:
mRNA其实比CDS要长一些，因为MRNA中还有调控区，中间的从起始密码子到终止密码子就是CDS序列

我师姐做普通PCR时 用的是fasta 序列，这又有什么区别呢？
那如果设计AS-PCR的引物应该用什么序列呢？
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6楼2010-12-05 17:02:58
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yuanzhiqin.119

至尊木虫 (著名写手)
应该是直接的DNA序列，而不是mRNA
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2楼2010-12-05 12:17:39
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xwsooo

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yuanzhiqin.119 at 2010-12-05 12:17:39:
应该是直接的DNA序列，而不是mRNA

可是我看到就在这个版块里的引物设计专题中巢式pcr的引物设计就有用到mRNA序列的啊。。。
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3楼2010-12-05 15:52:14
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hyw1989960

木虫 (正式写手)
xwsooo(金币+1):谢谢交流 2010-12-05 16:58:49
CDS和mRNA序列是一样的，ncbi中mRNA序列没有U都是用T代替的。所以设计引物时两者都行
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4楼2010-12-05 16:52:24
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