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【求助/交流】紧急求助~~ 关于简并引物设计 codehop 和genefisher 在线
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求助关于简并引物设计的问题，希望各位大虾帮忙 本人做的是漆酶基因多样性的东西，这是dnaman中比对的ncbi 下载的序列，有四个部分出现的保守区域还是不少，命名为1 2 3 4，放到codehop中之后要自己肉眼判断保守区域的那一段 然后手动设计引物么？？学环境的 好多东西实在是不懂~~ 希望大家不吝赐教啊~ [ Last edited by 忧游鸟 on 2011-3-31 at 20:28 ] |
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
1949stone(金币+5): 鼓励 2011-03-28 10:36:11
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1949stone(金币+5): 鼓励 2011-03-28 10:36:11
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楼主可以依照codehop的引物设计理念，查找到相应的保守区后，在保守区周围设计引物。 找到你实验用的物种的密码子偏好性表，然后对应保守序列中的每个氨基酸残基给出相应的编码三联密码子。对于保守区内存在两个或多个不同氨基酸残基的位点，分别找出各氨基酸残基的编码密码子，在这些位点上设计简并碱基。一般说来，在进化过程中，即便是氨基酸序列发生改变，也极有可能是因为三位密码子的其中一位突变引起，所以其他两位点均可能为保守。 引物近5’端序列尽量依照密码子偏好性找到最大可能的编码密码子，尽可能不涉及简并碱基，并且5‘端要稍长。3’端序列可以加入3、4个简并碱基，但是要注意的是，3’端最后两位需按照密码子偏好性找到编码序列的前两位，也就是说确定最后两个碱基的正确性。 在数据库中查找相应比对序列时，尽量找亲缘相近物种。 我们可以共同讨论，codehop我是两年前用过设计了不少简并引物，效果都不错。当时查找资料很困难，用这个软件设计引物的不多，而且都没有详细介绍。有时间可以考虑写点这个软件的应用，以抛砖引玉。 楼主用好了也可以分享经验。我都快忘光了，刚才拿出来试了一下，手生了很多。 楼上不知道是不是没找到正确的软件地址，我给你一个在线的，掌握了基本设计理念之后，上手还是蛮快的，个人感觉。 https://icodehop.cphi.washington.edu/i-codehop-context/Welcome [ Last edited by csdyg on 2011-3-27 at 09:59 ] |
6楼2011-03-27 09:58:22
2楼2011-03-26 01:13:29
3楼2011-03-26 05:11:41
4楼2011-03-26 11:19:22
5楼2011-03-26 17:58:43
谢谢，地址找到了，试了试，用着还不行，就想学学这个怎么用，我再摸索摸索 7楼2011-03-27 20:44:03
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dhd997(金币+5): 热心 2011-03-29 08:42:11
dhd997(金币+5): 热心 2011-03-29 08:42:11
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可以去看看这个帖子，我刚发上，有关CODEHOP http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3011161&fpage=1 |
8楼2011-03-28 16:31:05
9楼2011-03-28 20:48:04
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+6): good 2011-03-29 08:42:31
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dhd997(金币+6): good 2011-03-29 08:42:31
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你好，如果你确定每次扩增中使用的模板来自单一物种，那最好是分别设计引物针对不同物种进行扩增。 如果你使用的模板是从多物种环境样品中提取出来的，那就不好说了，比较有难度对照不同物种的密码子偏好。不过楼主不用太担心这一问题，因为绝大部分情况下编码同一氨基酸的密码子前两位是固定的，即使偏好性不同也只是在第3位上发生了改变。这样的情况下，只在第三位上进行简并，简并碱基尽量降低简并度，尽量少使用N\D\V\B等高简并度的设计，这需要你在核苷酸序列比对时多做工作，弄清进化过程中同一氨基酸的编码子的保守性。 |
10楼2011-03-28 21:42:33
11楼2012-09-02 09:02:32
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