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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 请帮我看一下我设计的简并引物
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laokuang1988

铜虫 (小有名气)

[求助] 请帮我看一下我设计的简并引物

我经过氨基酸多序列比对，然后用primer5.0设计了简并引物，如下：
上游：TGGGNTTYCARGGNTTYGTNATG（854位子）
下游：CTRTACCGNTACKCNTADTACCG（1058位子）是直接搜索得到的。
然后手动设计一条上游引物：AAYYTNACNACNGGNACNGGNTGGA（223位子）

请各位高人指点指点。
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1楼 2012-02-25 21:29:27
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回帖置顶 ( 共有1个 )

shizishanshang

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

西瓜(金币+6, MolEPI+1): Good！辛苦！如能授人以鱼时同时授人以渔更好，不过这样很难，呵呵~ 2012-02-28 20:04:20
正向引物１：
TCCAGGGCTTCGTCatgwsngaytg
可以和反向引物１，２，３配对:
反向引物１，２，３
CCGGGTCTTGCCCCANGTRAANGG
CTCGCCGGAGTCGGCRTTNRCRAA
GTGCATGACGACGATGGTRTTRTKRCA
正向引物２，
GGCCGGCCTGGAyatgwsnatgc
可以和反向引物１，２配对。
产物长度略短于正向引物１。
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18楼2012-02-28 11:25:23
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普通回帖

laokuang1988

铜虫 (小有名气)
红色框框代表设计引物的区域
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2楼2012-02-25 21:35:11
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zhaodd195
3楼2012-02-25 21:37:30
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shizishanshang

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你把蛋白质序列贴出来，给你设计几对引物
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laokuang1988
4楼2012-02-25 23:33:24
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laokuang1988

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by shizishanshang at 2012-02-25 23:33:24:
你把蛋白质序列贴出来，给你设计几对引物

谢谢，等我回去马上贴上
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5楼2012-02-26 08:46:38
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laokuang1988

铜虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by shizishanshang at 2012-02-25 23:33:24:
你把蛋白质序列贴出来，给你设计几对引物

>gi|322707380|gb|EFY98959.1| Cel3b putative secreted beta-glucosidase [Metarhizium anisopliae ARSEF 23]
MKSLSIFAAALLTAVVDAGLSTPGHFHKLDARAELATSPPHYPSPWMNPQAPGWEDAYKQARDFVSRMTL
AEKVNLTTGTGWMSDNCVGNSGAVPRLGLRALCLQDGPLGIRLSDYNSAFPAGITAGATWSEHLWRDRGK
ALGAESRDKGIDIALGPASGPLGRAPTGGRNAEGFGSDPYLQGKGLANTVIGIQESGVIACAKHFIANEQ
EHFRQAGESVPRGFNISESLSSNVDDKTLHEDYAWPFADAIRAGVGSIMCSYNQINNSYACQNSKLLNGI
LKDEMGFQGFVMSDWQAQHGGAATAVAGLDMSMPGDTEFNTGYSFWGGNLTLAVINGTVPAYRIDDMAMR
IMASFFKVGMKPGKQVPTSFSSWTRDTFGYRQAAAKENWEQVNFQVDVRGDHAAHIRESAAKGTVILKNT
GSLPLNKPKFLAVIGEDAGQNSRGPNGCDDRGCDDGTLAMLWGSGTSQFPYLITPDSALQRQAIQDGSRY
ESVLSNYQWAATQRVVAQPNVTAVVFVNADSGEGYIEVDGNAGDRKNLTLWKNGDDLIKNVSSICHNTIV
VIHSVGPVLVTDWYQNPNISAIVWAGLPGQESGNSITDILYGKTSPGRSPFTWGPTRESYGTDVLYKPNN
GNDAPQQDFTEGSFIDYRHFDKVAPGKNSTGAPIYEFGHGLSWSTFEYSNLKVEKRDVRPMSPPEGKTIA
APTFGNFSTNLKDYAFPPSIRYIYQFIYPWLNTTASGKEASGDPHYGQTAEQFLPPGATDGSPQPRLASS
GEPGGNRQLWDVVYTVSATITNTGKRVSDEIPQLYISLGGKNEPVRVLRGFNRIEGIAPGQNVTFRHEIT
RREISNWDTASQNWVITKAPKKVFVGSSSRNLPLSADLN
这是序列。谢谢了。
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6楼2012-02-26 13:05:25
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shizishanshang

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
6楼: Originally posted by laokuang1988 at 2012-02-26 13:05:25:
>gi|322707380|gb|EFY98959.1| Cel3b putative secreted beta-glucosidase [Metarhizium anisopliae ARSEF 23]
MKSLSIFAAALLTAVVDAGLSTPGHFHKLDARAELATSPPHYPSPWMNPQAPGWEDAYKQARDFVSRMTL
AEKVNLTTGTGWMSDN ...

我倒！你是蛋白序列都知道了？那还设计什么？

我的意思是如果你想从A物种中克隆B基因，此时序列未知。但可以知道其它物种中B的同源基因，我要的是其它物种中的同源基因，这样的话我可以设计简并引物，从A中克隆B基因。

不知道你明白我的意思了没有
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7楼2012-02-26 17:06:54
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laokuang1988

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by shizishanshang at 2012-02-26 17:06:54:
我倒！你是蛋白序列都知道了？那还设计什么？

我的意思是如果你想从A物种中克隆B基因，此时序列未知。但可以知道其它物种中B的同源基因，我要的是其它物种中的同源基因，这样的话我可以设计简并引物，从A中克 ...

不知道的，我只是知道一段氨基酸序列（39个aa），然后BLAST找到最相似的氨基酸序列。然后听说用aa序列设计简并引物比较好。
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8楼2012-02-26 19:23:23
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shizishanshang

至尊木虫 (职业作家)
西瓜(金币+3): 很热心！ 2012-02-28 20:01:58
引用回帖:
8楼: Originally posted by laokuang1988 at 2012-02-26 19:23:23:
不知道的，我只是知道一段氨基酸序列（39个aa），然后BLAST找到最相似的氨基酸序列。然后听说用aa序列设计简并引物比较好。

你是不是先蛋白测序的？
得到蛋白序列后，BLAST是对的，然后你可以找到其它物种中同源基因的蛋白序列啊（全长），我要知道的是其它物种的全长蛋白序列（亲缘关系近的，四五种以上吧）。

如果你只知道本物种中的39个AA序列，也没有办法做RACE啊。
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9楼2012-02-26 20:35:48
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laokuang1988

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by shizishanshang at 2012-02-26 20:35:48:
你是不是先蛋白测序的？
得到蛋白序列后，BLAST是对的，然后你可以找到其它物种中同源基因的蛋白序列啊（全长），我要知道的是其它物种的全长蛋白序列（亲缘关系近的，四五种以上吧）。

如果你只知道本物种中 ...

我找了四条全长蛋白序列，做了以上的多序列比对。就是上面图上的
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10楼2012-02-26 21:31:13
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