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laokuang1988

铜虫 (小有名气)

[求助] 请帮我看一下我设计的简并引物

我经过氨基酸多序列比对,然后用primer5.0设计了简并引物,如下:
上游:TGGGNTTYCARGGNTTYGTNATG(854位子)
下游:CTRTACCGNTACKCNTADTACCG(1058位子)是直接搜索得到的。
然后手动设计一条上游引物:AAYYTNACNACNGGNACNGGNTGGA(223位子)

请各位高人指点指点。
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回帖置顶 ( 共有1个 )

shizishanshang

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

西瓜(金币+6, MolEPI+1): Good!辛苦!如能授人以鱼时同时授人以渔更好,不过这样很难,呵呵~ 2012-02-28 20:04:20
正向引物1:
TCCAGGGCTTCGTCatgwsngaytg
可以和反向引物1,2,3配对:
反向引物1,2,3
CCGGGTCTTGCCCCANGTRAANGG
CTCGCCGGAGTCGGCRTTNRCRAA
GTGCATGACGACGATGGTRTTRTKRCA
正向引物2,
GGCCGGCCTGGAyatgwsnatgc
可以和反向引物1,2配对。
产物长度略短于正向引物1。
18楼2012-02-28 11:25:23
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普通回帖

laokuang1988

铜虫 (小有名气)

红色框框代表设计引物的区域
2楼2012-02-25 21:35:11
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3楼2012-02-25 21:37:30
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shizishanshang

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你把蛋白质序列贴出来,给你设计几对引物

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2012-02-25 23:33:24
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laokuang1988

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by shizishanshang at 2012-02-25 23:33:24:
你把蛋白质序列贴出来,给你设计几对引物

谢谢,等我回去马上贴上
5楼2012-02-26 08:46:38
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laokuang1988

铜虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by shizishanshang at 2012-02-25 23:33:24:
你把蛋白质序列贴出来,给你设计几对引物

>gi|322707380|gb|EFY98959.1| Cel3b putative secreted beta-glucosidase [Metarhizium anisopliae ARSEF 23]
MKSLSIFAAALLTAVVDAGLSTPGHFHKLDARAELATSPPHYPSPWMNPQAPGWEDAYKQARDFVSRMTL
AEKVNLTTGTGWMSDNCVGNSGAVPRLGLRALCLQDGPLGIRLSDYNSAFPAGITAGATWSEHLWRDRGK
ALGAESRDKGIDIALGPASGPLGRAPTGGRNAEGFGSDPYLQGKGLANTVIGIQESGVIACAKHFIANEQ
EHFRQAGESVPRGFNISESLSSNVDDKTLHEDYAWPFADAIRAGVGSIMCSYNQINNSYACQNSKLLNGI
LKDEMGFQGFVMSDWQAQHGGAATAVAGLDMSMPGDTEFNTGYSFWGGNLTLAVINGTVPAYRIDDMAMR
IMASFFKVGMKPGKQVPTSFSSWTRDTFGYRQAAAKENWEQVNFQVDVRGDHAAHIRESAAKGTVILKNT
GSLPLNKPKFLAVIGEDAGQNSRGPNGCDDRGCDDGTLAMLWGSGTSQFPYLITPDSALQRQAIQDGSRY
ESVLSNYQWAATQRVVAQPNVTAVVFVNADSGEGYIEVDGNAGDRKNLTLWKNGDDLIKNVSSICHNTIV
VIHSVGPVLVTDWYQNPNISAIVWAGLPGQESGNSITDILYGKTSPGRSPFTWGPTRESYGTDVLYKPNN
GNDAPQQDFTEGSFIDYRHFDKVAPGKNSTGAPIYEFGHGLSWSTFEYSNLKVEKRDVRPMSPPEGKTIA
APTFGNFSTNLKDYAFPPSIRYIYQFIYPWLNTTASGKEASGDPHYGQTAEQFLPPGATDGSPQPRLASS
GEPGGNRQLWDVVYTVSATITNTGKRVSDEIPQLYISLGGKNEPVRVLRGFNRIEGIAPGQNVTFRHEIT
RREISNWDTASQNWVITKAPKKVFVGSSSRNLPLSADLN
这是序列。谢谢了。
6楼2012-02-26 13:05:25
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shizishanshang

至尊木虫 (职业作家)

引用回帖:
6楼: Originally posted by laokuang1988 at 2012-02-26 13:05:25:
>gi|322707380|gb|EFY98959.1| Cel3b putative secreted beta-glucosidase [Metarhizium anisopliae ARSEF 23]
MKSLSIFAAALLTAVVDAGLSTPGHFHKLDARAELATSPPHYPSPWMNPQAPGWEDAYKQARDFVSRMTL
AEKVNLTTGTGWMSDN ...

我倒!你是蛋白序列都知道了?那还设计什么?

我的意思是如果你想从A物种中克隆B基因,此时序列未知。但可以知道其它物种中B的同源基因,我要的是其它物种中的同源基因,这样的话我可以设计简并引物,从A中克隆B基因。

不知道你明白我的意思了没有
7楼2012-02-26 17:06:54
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laokuang1988

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by shizishanshang at 2012-02-26 17:06:54:
我倒!你是蛋白序列都知道了?那还设计什么?

我的意思是如果你想从A物种中克隆B基因,此时序列未知。但可以知道其它物种中B的同源基因,我要的是其它物种中的同源基因,这样的话我可以设计简并引物,从A中克 ...

不知道的,我只是知道一段氨基酸序列(39个aa),然后BLAST找到最相似的氨基酸序列。然后听说用aa序列设计简并引物比较好。
8楼2012-02-26 19:23:23
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shizishanshang

至尊木虫 (职业作家)

西瓜(金币+3): 很热心! 2012-02-28 20:01:58
引用回帖:
8楼: Originally posted by laokuang1988 at 2012-02-26 19:23:23:
不知道的,我只是知道一段氨基酸序列(39个aa),然后BLAST找到最相似的氨基酸序列。然后听说用aa序列设计简并引物比较好。

你是不是先蛋白测序的?
得到蛋白序列后,BLAST是对的,然后你可以找到其它物种中同源基因的蛋白序列啊(全长),我要知道的是其它物种的全长蛋白序列(亲缘关系近的,四五种以上吧)。

如果你只知道本物种中的39个AA序列,也没有办法做RACE啊。
9楼2012-02-26 20:35:48
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laokuang1988

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by shizishanshang at 2012-02-26 20:35:48:
你是不是先蛋白测序的?
得到蛋白序列后,BLAST是对的,然后你可以找到其它物种中同源基因的蛋白序列啊(全长),我要知道的是其它物种的全长蛋白序列(亲缘关系近的,四五种以上吧)。

如果你只知道本物种中 ...

我找了四条全长蛋白序列,做了以上的多序列比对。就是上面图上的
10楼2012-02-26 21:31:13
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