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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » ——CODEHOP简并引物设计程序的疑惑
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Crescendo

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] ——CODEHOP简并引物设计程序的疑惑

想设计某未测序的线虫CM基因的简并引物，从NCBI上下载了几种其他线虫的CM基因氨基酸序列，通过Block Maker搜保守区（其实我是没弄会这个在线程序，所以通过DNAstar的Megalign by Clustal W method，再用Block Maker网址上Multiple Alignment Processor进行做的）CODEHOP结果显示“No suggested primers found.”

请问会设计的朋友给点建议，该怎么办？
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日拱一卒，功不唐捐
1楼 2011-06-15 22:15:58
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love_st

金虫 (著名写手)
用DNAMAN或者什么软件进行比对，找出保守位置，在保守位置用引物设计软件进行设计，比如primer5和oligo6，个人倾向oligo6
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2楼2011-06-16 08:49:34
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Crescendo

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by love_st at 2011-06-16 08:49:34:
用DNAMAN或者什么软件进行比对，找出保守位置，在保守位置用引物设计软件进行设计，比如primer5和oligo6，个人倾向oligo6

谢谢！不过听说这种方法所设计的引物简并度太高，可能不是太好吧。
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日拱一卒，功不唐捐
3楼2011-06-16 18:58:27
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love_st

金虫 (著名写手)
简并度高低和你序列保守不保守有关系，怎么和软件有关呢
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4楼2011-06-16 19:27:20
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fangni
感谢分享
5楼2012-03-28 10:41:00
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hraikeyan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
1214871楼: Originally posted by love_st at 2011-06-16 19:27:20
简并度高低和你序列保守不保守有关系，怎么和软件有关呢

请问设计兼并 引物参考NDA序列还是氨基酸序列？因为我将参考的几条DNA序列进行比对，发现在对应的保守序列中对应的氨基酸都是同一种密码子决定的，如果引物中使用这种密码子，兼并度会低很多，但如果将一条氨基酸序列输入primer 5，再翻译成DNA。这样在保守区的设计的兼并引物兼并度很高。
我第一次设计兼并引物，实验室也没人设计过，只是从网上看到一些教程学的。这个问题一直困扰着我，还请大侠指教。
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nothing isimpossible
6楼2012-06-10 15:27:59
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ample1007

银虫 (初入文坛)
期待高手解决！
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7楼2012-09-02 09:14:43
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ample1007

银虫 (初入文坛)
简并引物如果用CODEHOP的话，应该会更好。
建议楼主查阅下相关文献，看有什么适当的方法参考一下。
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8楼2012-09-02 09:16:04
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elric

新虫 (著名写手)
看来楼主接着读博了哈，学习下
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9楼2012-12-02 16:35:36
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Crescendo

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2461451楼: Originally posted by elric at 2012-12-02 16:35:36
看来楼主接着读博了哈，学习下

10楼2012-12-03 15:02:34
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