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Crescendo

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] ——CODEHOP简并引物设计程序的疑惑

想设计某未测序的线虫CM基因的简并引物,从NCBI上下载了几种其他线虫的CM基因氨基酸序列,通过Block Maker搜保守区(其实我是没弄会这个在线程序,所以通过DNAstar的Megalign by Clustal W method,再用Block Maker网址上Multiple Alignment Processor进行做的)CODEHOP结果显示“No suggested primers found.”

请问会设计的朋友给点建议,该怎么办?
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日拱一卒,功不唐捐
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love_st

金虫 (著名写手)


用DNAMAN或者什么软件进行比对,找出保守位置,在保守位置用引物设计软件进行设计,比如primer5和oligo6,个人倾向oligo6
2楼2011-06-16 08:49:34
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Crescendo

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by love_st at 2011-06-16 08:49:34:
用DNAMAN或者什么软件进行比对,找出保守位置,在保守位置用引物设计软件进行设计,比如primer5和oligo6,个人倾向oligo6

谢谢!不过听说这种方法所设计的引物简并度太高,可能不是太好吧。
日拱一卒,功不唐捐
3楼2011-06-16 18:58:27
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love_st

金虫 (著名写手)


简并度高低和你序列保守不保守有关系,怎么和软件有关呢
4楼2011-06-16 19:27:20
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感谢分享
5楼2012-03-28 10:41:00
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hraikeyan

金虫 (小有名气)

引用回帖:
1214871楼: Originally posted by love_st at 2011-06-16 19:27:20
简并度高低和你序列保守不保守有关系,怎么和软件有关呢

请问设计兼并 引物参考NDA序列还是氨基酸序列?因为我将参考的几条DNA序列进行比对,发现在对应的保守序列中对应的氨基酸都是同一种密码子决定的,如果引物中使用这种密码子,兼并度会低很多,但如果将一条氨基酸序列输入primer 5,再翻译成DNA。这样在保守区的设计的兼并引物兼并度很高。
我第一次设计兼并引物,实验室也没人设计过,只是从网上看到一些教程学的。这个问题一直困扰着我,还请大侠指教。
nothing isimpossible
6楼2012-06-10 15:27:59
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ample1007

银虫 (初入文坛)

期待高手解决!
7楼2012-09-02 09:14:43
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ample1007

银虫 (初入文坛)

简并引物如果用CODEHOP的话,应该会更好。
建议楼主查阅下相关文献,看有什么适当的方法参考一下。
8楼2012-09-02 09:16:04
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elric

新虫 (著名写手)

看来楼主接着读博了哈,学习下
9楼2012-12-02 16:35:36
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Crescendo

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2461451楼: Originally posted by elric at 2012-12-02 16:35:36
看来楼主接着读博了哈,学习下

10楼2012-12-03 15:02:34
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