| 查看: 2292 | 回复: 7 | ||
[求助]
简并引物需要加保护碱基吗
|
| 设计了简并引物，20个碱基。需要加保护碱基吗？ |
回复此楼» 猜你喜欢
不合理蛙科研实验中的趣事：实验器材的 “乌龙”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：和实验材料的 “斗智斗勇”
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有199人回复
-
蛋白质检测：精准分析，解锁生物分子的密码
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之小鼠实验：严谨设计，解析生命机制的重要载体
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
-
纳米粒度分析
已经有3人回复
-
林科院林化所招收材料与化工专业硕士，坐标南京
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求高手设计简并引物
已经有6人回复
- 兼并引物 里边有多个兼并碱基好吗？
已经有24人回复
- 引物加保护碱基
已经有7人回复
- 关于PCR引物设计及添加酶切位点和保护碱基的问题
已经有4人回复
- 自设简并引物几对，请高手帮检查下~~~
已经有18人回复
- 计算引物退火温度时末端加的酶切位点计算在内吗？
已经有5人回复
- 设计引物时酶切位点保护碱基的问题
已经有8人回复
- 【求助/交流】限制性内切酶保护碱基
已经有20人回复
- 【求助/交流】紧急求助~~ 关于简并引物设计 codehop 和genefisher 在线
已经有12人回复
- 【求助/交流】所谓简并碱基
已经有9人回复
- 【求助/交流】求AgeⅠ(BshTⅠ)的保护碱基用什么？
已经有4人回复
chenyhok1987
银虫 (正式写手)
- 应助: 11 (小学生)
- 金币: 3165.8
- 散金: 800
- 红花: 6
- 帖子: 632
- 在线: 569.2小时
- 虫号: 1418854
- 注册: 2011-09-27
- 性别: GG
- 专业: 污染控制化学
2楼2012-06-13 12:33:20
gywyl1977
木虫 (正式写手)
- MolEPI: 1
- 应助: 72 (初中生)
- 金币: 2590.7
- 红花: 3
- 帖子: 548
- 在线: 41.6小时
- 虫号: 1631149
- 注册: 2012-02-21
- 性别: GG
- 专业: 微生物遗传育种学
3楼2012-06-13 14:54:54
4楼2012-06-13 17:00:36
hyacinth326
金虫 (正式写手)
- 应助: 74 (初中生)
- 金币: 2003.3
- 散金: 304
- 红花: 4
- 帖子: 394
- 在线: 1338.8小时
- 虫号: 1502977
- 注册: 2011-11-21
- 性别: MM
- 专业: 微生物资源与分类学
5楼2012-06-13 17:47:29
6楼2012-06-13 19:12:20
【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, 鼓励交流经验，热心的虫虫 2012-06-14 13:36:57
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, 鼓励交流经验，热心的虫虫 2012-06-14 13:36:57
|
不用，只要Tm值相近就行，其他的按照引物设计一般性原则 (1)长度：15—30bp，其有效长度[Ln＝2(G十C)十(A十T)]一般不大于38，否则PCR的最适延伸温度会超过Taq酶的最佳作用温度(74度)，从而降低产物的特异性。 (2)G十c含量：应在45％一55％之间，PCR扩增中的复性温度一般是较低Tm值引物的Tm值减去5—10度。引物长度小于20时，其Tm恒等于4×(G十C)十2×(A十T)。 (3)碱基分布的随机性：应避免连续出现4个以上的单一碱基。尤其是不应在其3’端出现超过3个的连续G或C，否则会使引物在G十C富集序列区错误引发。 (4)引物自身：不能含有自身互补序列，否则会形成发夹样二级结构。 (5)引物之间：两个引物之间不应有多于4个的互补或同源碱基，不然会形成引物二聚体，尤应避免3’端的互补重叠。 特异性：与非特异扩增序列的同源性应小于70％，或少于连续8个的互补碱基。 2．引物的3’端：引物的3’端很人程度上影响Taq酶的延伸效应，除特殊情况(AS－PCR)外，3’端不应发生错配。S.Kwok等发现，引物的3’端发生错配时，A：A使产量下降至l／20，A：G或C：C下降至1／100。当末位碱基是T时，即使错配也能引发链的合成，而为A时错配的引发效率最低，G、C居间。因此，引物的3’端碱基最好选用A、G、C，而尽可能地避免选用T，尤应避免连续出现2个以上的T。 此外，如果扩增编码区域，引物的3’端不要终止于密码了的第3位，因此处易发牛简并，从而影响扩增持异性。 3．避开引物的二级结构区：某些引物无效的原因是引物重复区二级结构的影响，因此选择扩增片段时应注意避开二级结构区，有些计算机软件可帮助确定该区域，如不能避开，则可用7－deaza－2’－脱氧GTP取代‘dGTP，有助干PCR成功。 很多时候不能完全符合上述的条件，用一些设计引物的软件来进行设计检查。我的感觉是大概就行，基本都能扩的出来 |
7楼2012-06-13 21:34:15
hyacinth326
金虫 (正式写手)
- 应助: 74 (初中生)
- 金币: 2003.3
- 散金: 304
- 红花: 4
- 帖子: 394
- 在线: 1338.8小时
- 虫号: 1502977
- 注册: 2011-11-21
- 性别: MM
- 专业: 微生物资源与分类学
8楼2012-06-13 22:02:28
