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zhange1987木虫 (小有名气)
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[求助]
关于PCR引物设计及添加酶切位点和保护碱基的问题 已有1人参与
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大家好 我是新手 想请教关于引物设计的问题 以下是我要扩增的目的基因 1 atggcaaaag atccacgata tgtaggaaat ctaccaaaga taggaatacg cccgacgatc 61 gacggcagaa gaaaaggagt tcgtgaatca ttagaagaaa caacaatgaa catggcaaaa 121 gctgtagcta aattactgga ggaaaatgtt ttttattata atggacagcc agtggaatgt 181 gtgattgcag atacatgtat tggaggagta aaagaagcgg cagaagcagc tgaaaagttt 241 gcaagagaag gcgttggcgt ttcgattact gttactccat gctggtgcta tggaactgaa 301 acaatggata tggatcctca cattccgaaa gcagtttggg gattcaatgg aacagaaaga 361 cctggcgctg tctatttagc tgctgttcta gcaggttata accaaaaagg acttcctgcc 421 tttggaattt acggtaagga tgttcaagat gcaggagata cgaatatacc tgaagatgta 481 aaagagaagc tcattcgttt tgcaaaagca ggactggctg ttgctatgat gaagggtaaa 541 tcttatctct ccattggatc tgtatcaatg ggaattgcag gaagtgttgt gcaagaagac 601 tttttccaaa actatcttgg aatgagaaat gaatatgttg atatgagcga attcgtgcgc 661 agaattgaac tggaaattta cgataaagag gaatatgaaa gagccttaaa atgggtgaag 721 gaaaactgta aagttggtcc ggacaacaat cgcgacggct ttaaaagaac agaagagcag 781 aaggaaaaag attgggaaat cagcgtaaaa atggctctta tcgcacgcga cttaatggtt 841 ggcaataaaa aattagaaga aatgggatat ggagaagaag ctctaggaag aaacgccatt 901 gttgctggtt tccaaggaca gcgtcaatgg accgactatt tcccaaatgg agattttatg 961 gaaacgattt taaattcatc ttttgactgg aacggaaaaa gagcgccata tatttttgca 1021 acggaaaatg ataacttgaa cggcatttcc atgttgttcg gctacctttt aactaatacg 1081 gcgcaaattt ttgccgacgt gagaacttat tggagtccgg aggctgtcaa gcgggtaact 1141 ggctatactc ttgaagggag agcggcaaac ggaatcatcc atttaattaa ttctggagcg 1201 gctgcattgg atggaacagg agaacaaaca aaagacggca aaccagttat taaaccatac 1261 tacgaattga cagatgaaga tattaaaaaa tgcttggaag caacacaatt tagacctgct 1321 tcaactgaat acttcagagg cggcggatat tcaactgact ttttaacaaa aggcggcatg 1381 cctgtaacga tttcgcgctt aaatattgtt aaagggctgg gtcctgttct gcaaattgca 1441 gaaggatata cggttgattt gccggaagaa gttcatgacg tgcttgacaa acggaccgat 1501 ccaacttggc ctaccacttg gtttgttccg aatctaaccg gagaaggtgc atttaaagat 1561 gtttactcgg ttatgaataa ctggggagcc aaccattgtt ccatcagcta tggtcatatt 1621 ggagccgatt taatcacgct ggcatccatt cttcgcattc cggtaaatat gcacaatgta 1681 cctgaggaaa aaatattcag accagatgct tggagcatgt ttggaacaaa agatcttgaa 1741 ggcgctgatt acagagcatg taaaaacttt gggccgatct ataaataa 这是我那个酶基因的CDS序列 其上下游序列我找不到 求大家帮忙设计下引物 我后面是要连T载体 再转到表达载体PET-28a中进行表达 拜托了 非常感谢 |
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xiaoyuan622
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【答案】应助回帖
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zhange1987(金币+10): 谢谢哈 其实 你说的这些我试过了 不加酶切位点的引物很好 加了就P不成了 2011-10-19 09:07:09
wanhscn(金币+1): 鼓励应助！对于该贴，如能解决，必要之时将授予专家指数！ 2011-10-19 14:12:45
zhange1987(金币+10): 谢谢哈 其实 你说的这些我试过了 不加酶切位点的引物很好 加了就P不成了 2011-10-19 09:07:09
wanhscn(金币+1): 鼓励应助！对于该贴，如能解决，必要之时将授予专家指数！ 2011-10-19 14:12:45
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授人以鱼不如授人以渔。 你用Primer5软件或其它软件，将你的序列粘进去就可以很方便的设计引物了。连T载体不用加酶切位点。连pET-28a时要考虑到你自身序列是否含有酶切位点，如果有，设计引物时就不能用这个酶切位点。对照pET-28a，选择合适的酶切位点，注意两个酶切位点不要靠太近，那样切着不方便。保护碱基的添加则不用考虑太复杂，一般简单的添加GCGC和GGCC就可以了。 |
2楼2011-10-19 01:50:49
zhange1987
木虫 (小有名气)
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3楼2011-10-19 09:10:06
【答案】应助回帖
zhange1987(金币+2): 谢谢回帖 其实我就是参照这个表设计的 再将其放回PP5验证的时候就出了点问题 2011-10-19 14:02:00
| Primer5很好使 酶切位点和保护碱基可以参考网站http://www.cnbiotech.com/html/dna/20071014/2508.html |
4楼2011-10-19 13:48:30
5楼2014-03-14 09:40:24
