| 查看: 5896 | 回复: 19 | ||
yuguiyan至尊木虫 (文坛精英)
|
[求助]
求助设计引物时酶切位点保护碱基的问题
|
|
限制性内切酶酶切位点保护碱基不全时如何确定切割率？例如Kpn I 酶切位点是GGTACC 前面加完保护碱基G,后面加完保护碱基C的“GGGTACCC” 它的2h和20h的切割率都是0，别人给我设计的引物只加了前面保护碱基G,后面没有加C，是 GGGGTACC，那切割率是多少呢？会不会根本切不开啊？ 111111111111111.JPG |
回复此楼» 猜你喜欢
含氟糖皮质激素的外用抗炎利器醋酸氟轻松
已经有0人回复
-
阿莫奈韦（Amenamevir）：解旋酶-引物酶靶向分子的结构特征与合成路径全解析
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有221人回复
-
利瑞鲁单抗：靶向KIR的NK细胞检查点工具抗体，结构基础与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Wnt-C59：PORCN靶向化学探针，Wnt信号通路阻断机制与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Fexaramine：肠道限制性FXR化学探针，结构特征与信号通路研究全解析
已经有0人回复
-
NVS-STG2：靶向STING跨膜域的分子胶类激动剂，结构特征与寡聚化机制研究全解析
已经有0人回复
-
DOTA-GPC3肽（CAS 3066439-94-6）：双功能分子探针前体的结构特征与标记应用解析
已经有0人回复
-
科研用 TLR7/8 双激动剂怎么选？现货与质控要点
已经有0人回复
-
SEL120-34A HCl：CDK8/CDK19高选择性激酶抑制剂
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助设计引物加两个酶切位点
已经有10人回复
- 求助带酶切位点的引物设计
已经有5人回复
- 设计引物注意事项？
已经有6人回复
- 有关引物设计时加酶切位点
已经有8人回复
- 简并引物需要加保护碱基吗
已经有7人回复
- 问问pet-28a克隆构建引物的问题
已经有12人回复
- 引物加保护碱基
已经有7人回复
- 求助内切酶的问题
已经有8人回复
- 关于PCR引物设计及添加酶切位点和保护碱基的问题
已经有4人回复
- 设计的引物错了一个碱基对后续试验影响大吗？
已经有6人回复
- 计算引物退火温度时末端加的酶切位点计算在内吗？
已经有5人回复
- 设计引物时酶切位点保护碱基的问题
已经有8人回复
- 【求助/交流】设计引物引入酶切位点，如何保证没有发生阅读框移码？
已经有10人回复
- 【求助/交流】关于引物
已经有20人回复
- 【专题】引入酶切位点的引物设计问题
已经有11人回复
- 【求助/交流】关于PCR的问题
已经有18人回复
imyting
至尊木虫 (正式写手)
- MolEPI: 6
- 应助: 66 (初中生)
- 金币: 10511.7
- 散金: 658
- 红花: 5
- 帖子: 807
- 在线: 168.7小时
- 虫号: 736362
- 注册: 2009-03-31
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
| 保护碱基的一个非常重要的作用是在限制性内切酶结合靶DNA时起支架作用，酶都有自己特有的识别位点以及切割位点，而所谓的酶切位点只是切割位点；为了便于酶与靶DNA的结合，在切割位点周围必须有一定长度的DNA序列供酶结合。所以对于环形DNA（如环形质粒）来说，切割效率都是十分高的，因为切割位点两边的序列长度很长。而对于设计PCR引物来说则不然，PCR之后5‘端是末端，所以设计引物时必须要加保护碱基，而且理论上是越长越利于后面的酶切（前提是不影响PCR）。所以引物的3’端是不需要加保护碱基的，因为PCR会延伸。另外，这种表每个生产限制性内切酶的公司可能不太一样，用哪个公司的酶最好参考那个公司的标准，基本上只要长度达到了就没问题。从你上面那个表来看，这个酶是很好切的，但是至少得在5‘端加两个保护碱基，加一个估计会切不开（说效率低都是比较保守了）。 |
9楼2013-02-21 20:58:11
19楼2013-02-25 09:40:47
2楼2013-02-20 17:13:26
yuguiyan
至尊木虫 (文坛精英)
- 应助: 277 (大学生)
- 金币: 15912.3
- 散金: 451
- 红花: 78
- 沙发: 433
- 帖子: 21986
- 在线: 2078.9小时
- 虫号: 2029722
- 注册: 2012-09-25
- 专业: 原子和分子物理
3楼2013-02-20 18:13:11
yuguiyan
至尊木虫 (文坛精英)
- 应助: 277 (大学生)
- 金币: 15912.3
- 散金: 451
- 红花: 78
- 沙发: 433
- 帖子: 21986
- 在线: 2078.9小时
- 虫号: 2029722
- 注册: 2012-09-25
- 专业: 原子和分子物理
4楼2013-02-20 18:13:47
yuguiyan
至尊木虫 (文坛精英)
- 应助: 277 (大学生)
- 金币: 15912.3
- 散金: 451
- 红花: 78
- 沙发: 433
- 帖子: 21986
- 在线: 2078.9小时
- 虫号: 2029722
- 注册: 2012-09-25
- 专业: 原子和分子物理
5楼2013-02-21 12:09:26
6楼2013-02-21 12:43:01
★
感谢参与，应助指数 +1
yuguiyan: 金币+1, ★★★很有帮助 2013-02-23 23:13:10
感谢参与，应助指数 +1
yuguiyan: 金币+1, ★★★很有帮助 2013-02-23 23:13:10
|
本帖内容被屏蔽 |
7楼2013-02-21 13:27:37
山水88
木虫 (正式写手)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 2526.7
- 散金: 190
- 红花: 2
- 帖子: 389
- 在线: 280.6小时
- 虫号: 1071557
- 注册: 2010-08-09
- 性别: GG
- 专业: 生物技术药物
8楼2013-02-21 13:31:08
yuguiyan
至尊木虫 (文坛精英)
- 应助: 277 (大学生)
- 金币: 15912.3
- 散金: 451
- 红花: 78
- 沙发: 433
- 帖子: 21986
- 在线: 2078.9小时
- 虫号: 2029722
- 注册: 2012-09-25
- 专业: 原子和分子物理
10楼2013-02-22 20:45:25
40