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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 引物设计时酶切位点的添加。
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flwilliam

银虫 (小有名气)

[求助] 引物设计时酶切位点的添加。

请教下各位，在引物设计时如果直接在5段加上酶切位点，那么这个引物的相关评估会改变么？还可以用PP5对添加了酶切位点的引物进行评估么？
我是个新手，望各位不吝赐教。
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1楼 2013-10-05 13:33:49
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小科研女dow

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2013-10-06 02:12:04
flwilliam: 金币+5 2013-10-06 13:40:20
其实引物的设计没有想象的呃那么麻烦，你用PP证明酶切位点你的序列里没有就可以了，设计的时候保护碱基也按照提示的加就可以了，如果想检测，测一下CG含量不高于70%就不会有问题了，实践是真理，自己P一下，看结果就一目了然了。祝顺利。
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做出色的科研人
2楼2013-10-05 14:10:52
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peng~yu

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我之前帮别人设计过带有酶切位点的引物，首先要先设计与模板进行完全退火互补的引物，合成出来以后用这个引物与模板一起做PCR，如果是产生单一条带的话就直接在5'末端加酶切位点和保护碱基就好了，设计出来的长引物能不能扩出来的很重要的一点是之前的短引物能不能扩出来，当然在长引物设计好了之后也需要用引物设计软件看一下引物的二级结构，其实很简单的。另外长引物做PCR的条件跟之前的短引物是一样的。希望可以帮助到你！
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3楼2013-10-06 10:48:27
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flwilliam

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小科研女dow at 2013-10-05 14:10:52
其实引物的设计没有想象的呃那么麻烦，你用PP证明酶切位点你的序列里没有就可以了，设计的时候保护碱基也按照提示的加就可以了，如果想检测，测一下CG含量不高于70%就不会有问题了，实践是真理，自己P一下，看结果就 ...

谢谢了。。
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4楼2013-10-06 13:39:44
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flwilliam

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by peng~yu at 2013-10-06 10:48:27
我之前帮别人设计过带有酶切位点的引物，首先要先设计与模板进行完全退火互补的引物，合成出来以后用这个引物与模板一起做PCR，如果是产生单一条带的话就直接在5'末端加酶切位点和保护碱基就好了，设计出来的长引物 ...

多谢指教。。
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5楼2013-10-06 13:40:10
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