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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】所谓简并碱基
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】所谓简并碱基 已有5人参与

设计引物时候说  不一样的位点给简并碱基。。这个简并碱基是什么？

   是对照那个简并列表来的么？ m= a或c   r = a或g  w =a或t  这个列表？

   那么公司合成引物的时候这个位点会怎么合成？
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1楼 2010-08-10 16:19:56
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
★
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我认为，应该是合成几种，再混合在一起吧……
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2楼2010-08-10 17:48:50
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phoenix0

铁杆木虫 (正式写手)
★
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应该是中特殊的核苷酸，特殊与ATCG，可以特异结合两种碱基或者以上
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3楼2010-08-10 20:13:33
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ben1147

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by phoenix0 at 2010-08-10 20:13:33:
应该是中特殊的核苷酸，特殊与ATCG，可以特异结合两种碱基或者以上

这个不是简并碱基。。。。。。。。
只是比如次黄嘌呤这样的东西
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4楼2010-08-10 21:57:44
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月月大可

木虫 (著名写手)
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scelab(金币+3):谢谢交流！:tiger06: 2010-08-10 22:47:33
无需你告诉公司核酸序列，告诉蛋白序列。说明兼并引物就可以了

公司在合成的时候都是一个一个碱基添加上的，如果遇到兼并的就同时加入这几种碱基的混合物，这样在该位点就会同时存在这几种碱基的可能性！
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5楼2010-08-10 22:30:35
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 月月大可 at 2010-08-10 22:30:35:
无需你告诉公司核酸序列，告诉蛋白序列。说明兼并引物就可以了

公司在合成的时候都是一个一个碱基添加上的，如果遇到兼并的就同时加入这几种碱基的混合物，这样在该位点就会同时存在这几种碱基的可能性！

能举一个具体例子么？
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6楼2010-08-11 09:11:50
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月月大可

木虫 (著名写手)
★
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你根据同源结构找出保守区，这些保守区的氨基酸就可以当做兼并引物的氨基酸序列。
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7楼2010-08-11 23:25:41
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 月月大可 at 2010-08-11 23:25:41:
你根据同源结构找出保守区，这些保守区的氨基酸就可以当做兼并引物的氨基酸序列。

也就是说  找到的保守区是 氨基酸的？下载的是编码区的氨基酸序列来寻找保守区？   而不是碱基的？
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8楼2010-08-12 09:45:54
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月月大可

木虫 (著名写手)
★
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建议使用氨基酸序列比对，找到同源区。

一般来说碱基相对于氨基酸存在物种间的差异更明显。
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9楼2010-08-12 11:50:38
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ben1147

木虫 (正式写手)
★
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引用回帖:
Originally posted by yixuanwin at 2010-08-11 09:11:50:



能举一个具体例子么？

比如你的序列里有个D（=GAT），合成仪吸取底物的时候，就会各吸取三分之一体积的G和A和T混合起来作为这一步合成的底物

这一步合成的产物末端随机的含有GAT三者之一，理论上三种浓度也一样
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10楼2010-08-12 11:55:20
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