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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】所谓简并碱基 已有5人参与

设计引物时候说  不一样的位点给简并碱基。。这个简并碱基是什么?

   是对照那个简并列表来的么? m= a或c   r = a或g  w =a或t  这个列表?

   那么公司合成引物的时候这个位点会怎么合成?
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!

★
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我认为,应该是合成几种,再混合在一起吧……
2楼2010-08-10 17:48:50
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phoenix0

铁杆木虫 (正式写手)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
应该是中特殊的核苷酸,特殊与ATCG,可以特异结合两种碱基或者以上
3楼2010-08-10 20:13:33
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ben1147

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by phoenix0 at 2010-08-10 20:13:33:
应该是中特殊的核苷酸,特殊与ATCG,可以特异结合两种碱基或者以上

这个不是简并碱基。。。。。。。。
只是比如次黄嘌呤这样的东西
4楼2010-08-10 21:57:44
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月月大可

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
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scelab(金币+3):谢谢交流!:tiger06: 2010-08-10 22:47:33
无需你告诉公司核酸序列,告诉蛋白序列。说明兼并引物就可以了

公司在合成的时候都是一个一个碱基添加上的,如果遇到兼并的就同时加入这几种碱基的混合物,这样在该位点就会同时存在这几种碱基的可能性!
5楼2010-08-10 22:30:35
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 月月大可 at 2010-08-10 22:30:35:
无需你告诉公司核酸序列,告诉蛋白序列。说明兼并引物就可以了

公司在合成的时候都是一个一个碱基添加上的,如果遇到兼并的就同时加入这几种碱基的混合物,这样在该位点就会同时存在这几种碱基的可能性!

能举一个具体例子么?
6楼2010-08-11 09:11:50
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月月大可

木虫 (著名写手)

★
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你根据同源结构找出保守区,这些保守区的氨基酸就可以当做兼并引物的氨基酸序列。
7楼2010-08-11 23:25:41
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 月月大可 at 2010-08-11 23:25:41:
你根据同源结构找出保守区,这些保守区的氨基酸就可以当做兼并引物的氨基酸序列。

也就是说  找到的保守区是 氨基酸的?下载的是编码区的氨基酸序列来寻找保守区?   而不是碱基的?
8楼2010-08-12 09:45:54
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月月大可

木虫 (著名写手)

★
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建议使用氨基酸序列比对,找到同源区。

一般来说碱基相对于氨基酸存在物种间的差异更明显。
9楼2010-08-12 11:50:38
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ben1147

木虫 (正式写手)

★
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引用回帖:
Originally posted by yixuanwin at 2010-08-11 09:11:50:



能举一个具体例子么?

比如你的序列里有个D(=GAT),合成仪吸取底物的时候,就会各吸取三分之一体积的G和A和T混合起来作为这一步合成的底物

这一步合成的产物末端随机的含有GAT三者之一,理论上三种浓度也一样
10楼2010-08-12 11:55:20
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