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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 关于基因测序引物的设计
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ddhh0206

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于基因测序引物的设计

本人从NCBI网站上查到了目的基因的序列，想用Primer5设计一对测序引物，要求能测出该基因的全部序列。请问应该注意些什么？还有以什么为模板？以该基因为模板测不出其完整序列。求各位大虾帮帮忙！不甚感激！
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1楼 2013-03-13 09:33:07
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lidonghong

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你这个基因是原核的还是真核的，原核基因的话直接PCR，拿产物测序，测序引物用PCR引物就好了。真核生物必须提取RNA做逆转录，然后PCR,剩下的步骤同原核生物。
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生物化学与分子生物学
2楼2013-03-13 11:20:15
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ddhh0206

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lidonghong at 2013-03-13 11:20:15
你这个基因是原核的还是真核的，原核基因的话直接PCR，拿产物测序，测序引物用PCR引物就好了。真核生物必须提取RNA做逆转录，然后PCR,剩下的步骤同原核生物。

原核的。关键是设计引物的时候以什么为模板。如果以该基因为模板设计引物，只能测出该基因中间的部分序列
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3楼2013-03-13 19:09:40
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lidonghong

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by ddhh0206 at 2013-03-13 19:09:40
原核的。关键是设计引物的时候以什么为模板。如果以该基因为模板设计引物，只能测出该基因中间的部分序列...

原核的那就好办了，直接拿一端的PCR引物测序到另一端，或者两个引物同时进行，然后拼接即可，剩下的两头测不到的可以直接在中间设计测序引物后反向再测一个就好了。这个你只要告诉公司你要测全长序列，他们就清楚了。
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生物化学与分子生物学
4楼2013-03-14 08:05:19
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ddhh0206

新虫 (初入文坛)
不好意思，我没说清楚。我是指用Primer5设计引物时，首先需要输入一段序列，这段序列是这个基因还是需要这个基因两端的序列？如果是这个基因的话，设计的引物是测其中间的部分序列了。您说的好像也可以但是有点麻烦，我想要设计一对引物，能过把这个基因的序列全部扩出来。
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5楼2013-03-14 12:30:28
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lmhzy1987

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ddhh0206: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 谢谢 2013-03-15 20:13:52
假设基因为A，你想测A的全长，那么你设计引物需要这个基因两端的序列，并且引物设计出来的保证一条在A的上游，一条在A的下游，两条都不在A里面，这样从两端往中间走，测序的时候直接PCR产物测序就可以了，如果A基因在基因组有多个拷贝，那么你需要克隆测序
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头疼的文库
6楼2013-03-15 14:16:05
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wapian

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lmhzy1987 at 2013-03-15 14:16:05
假设基因为A，你想测A的全长，那么你设计引物需要这个基因两端的序列，并且引物设计出来的保证一条在A的上游，一条在A的下游，两条都不在A里面，这样从两端往中间走，测序的时候直接PCR产物测序就可以了，如果A基因 ...

那测序结果是A还是A加上部分引物
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7楼2015-07-22 21:15:11
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catalycis

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lmhzy1987 at 2013-03-15 14:16:05
假设基因为A，你想测A的全长，那么你设计引物需要这个基因两端的序列，并且引物设计出来的保证一条在A的上游，一条在A的下游，两条都不在A里面，这样从两端往中间走，测序的时候直接PCR产物测序就可以了，如果A基因 ...

用软件设计的话只能在这段序列的中间。如果要保证一条在上游，一条在下游，是不是只能自己设计、设计好之后用软件分析一下？
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8楼2015-07-24 09:24:54
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