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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 测序结果分析，以及RACE引物设计。求助呢
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fengyunqb

新虫 (小有名气)

[求助] 测序结果分析，以及RACE引物设计。求助呢

我的是用简并引物扩增的未知基因的高度保守区。现在已经拿到测序结果。我首先找到了上下游引物的位置，然后把质粒DNA截掉。拿高度保守区BLAST结果出现各种不同物种的的该基因，其中与模式生物的该基因100%相似。abi图谱看起来也比较靠谱。我还要做什么呢？是不是可以直接用该基因设计引物准备做RACE扩增全长了？请设计过RACE3‘和5’端特异性引物帮忙指点一下。
   另外我想说，我是一个小白，之前没什么实验基础。到现在拿到了保守区。从零基础一路以来，老师也没时间指导，都是靠自己在论坛里面提问。感谢那些帮助我的朋友。让我的实验如此的顺利。基本所有实验都一次性成功。一切尽在掌握中。谢谢。
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1楼 2012-09-25 10:06:00
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回帖置顶 ( 共有1个 )

dw0206

金虫 (初入文坛)
fengyunqb: 回帖置顶 2012-10-17 18:52:26
楼主，我也在做未知基因的克隆，用简并引物扩增出一段基因片段，但是我不知道该怎么判断克隆出来的基因就是我要的物种目的基因。楼主说blast后跟模式生物100%相似，请问下楼主选择的模式生物是什么啊？怎么选择的模式生物？
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3楼2012-09-26 08:37:09
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普通回帖

gumling2003

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fengyunqb: 金币+4, ★★★很有帮助 2012-10-17 18:52:10
fengyunqb: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-10-19 16:42:36
fengyunqb: 金币+11, ★★★★★最佳答案 2012-12-26 16:41:15
你好，以你的物种材料、基因家族、基因长度，决定是否成功克隆的关键。

建议你做巢氏PCR，比较保险。
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2楼2012-09-25 15:52:37
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fengyunqb

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by dw0206 at 2012-09-26 08:37:09
楼主，我也在做未知基因的克隆，用简并引物扩增出一段基因片段，但是我不知道该怎么判断克隆出来的基因就是我要的物种目的基因。楼主说blast后跟模式生物100%相似，请问下楼主选择的模式生物是什么啊？怎么选择的模 ...

你要做的就是首先将质粒DNA截掉。找PMD 或者PUC图谱。可以看到。然后找出上下游引物的位置。将上下游引物之间的序列弄出来拿去BLAST，BLAST的时候注意选择你的物种和一些参数的设置，如果你的克隆是正确的，结果里面应该是各种不同物种的该基因，假如说的是植物的，下面拟南芥肯定有。哺乳动物的，下面鼠类肯定有吧。并且E值比较低。靠前。因为你当初是通过保守区设计的简并引物。所以序列出来的应该是高度保守区，所有物种中该片段应该是很相似的。我也是自学的，就懂这么多了。我的保守区1000多BP，结果还不错。
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4楼2012-09-26 09:14:24
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