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pidou213

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】RACE 引物 已有4人参与

请问做RACE的引物用什么纯化比较好?
HAP?  PAGE??
还是其他??

突然想到的,不知道怎么选择
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695

木虫 (职业作家)


pidou213(金币+1):谢谢参与
Invtrogen合成的就可以直接用吧,其实引物只要按照试剂盒的说明设计,一般没问题的,关键还是cDNA的质量,祝顺利
2楼2010-04-29 18:38:40
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pidou213

木虫 (正式写手)

为什么引物在某些时候需要纯化



DNA合成结束后,完整的DNA链在碱性溶液(如氢氧化铵)的作用下从固相支持物中解理下来。解离下来的溶液中既包含了完整的所需寡核苷酸,同时也包含了在合成过程中失败的DNA链(错误序列)。比如合成一个20个碱基寡核苷酸,其洗脱溶液中也包含了19,18,17个碱基等合成时错误的序列。错误序列的数量取决于合成效率。在许多实验如PCR中,这些错误的序列会与正确的全长产物竞争,因此在使用之前需要将其去除以提高下游应用的成功率。
不同应用对纯化方式的选择



应用领域


建议的纯化方式



AFLPTM 分析


脱盐引物在限制性片段扩增多态性研究(ARFP)中可被成功应用



反义研究


HPLC纯化的引物在相关文献中引用最多



循环测序


脱盐纯化的引物已经足够



文库构建中的第一链cDNA合成


用于文库构建中第一链合成的cDNA通常在其5’端有限制性内切酶克隆位点,因此最好用全长的,通过Cartridge、HPLC或PAGE纯化的引物



荧光测序


四种纯化级别的引物都可成功应用



凝胶迁移实验


建议使用Cartridge、HPLC和PAGE纯化的引物进行凝胶迁移率实验



GeneTrapper筛选


建议使用PAGE纯化引物。如果购买了脱盐引物,可以使用PAGE纯化说明书对其进行进一步纯化。在GeneTrapper系统中的加尾反应时,引物需要事先经过酚抽提和乙醇沉淀。



恒温测序


脱盐引物已经足够,Cartridge、HPLC和PAGE纯化引物也可以。



微阵列


标准脱盐引物已经足够



PCR


对于标准PCR,脱盐引物即可正常使用,其它三种纯度更高的方式也可以



5’端序列较为重要的PCR(例如限制性酶切位点,RNA聚合酶启动子)


为达到最高效率,Cartridge、,HPLC和PAGE纯化的引物是最好的选择。因为引物合成是从3’端到5’端,不完整的寡核苷酸的会从5’端缺失。在这些应用中使用5’端序列完整的全长序列是很重要的,否则缺失5’端部分序列的一组PCR产物将被合成



克隆接头产物


全长引物最适合有效的克隆,利用Cartridge、HPLC或PAGE纯化方式可得到合适的引物。对大于60个碱基的引物,PAGE纯化方式是最好的



位点特异性突变


一定要使用通过Cartridge、HPLC和PAGE纯化得到的全长引物,才可能得到最高比例的突变体克隆(尤其是预突变位点在5’端附近时)。采用脱盐引物也可以得到想要的突变。然而,一些野生型亲本载体有可能会覆盖掉这些突变。
见得多爱的多
3楼2010-04-29 18:49:25
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cato8163

银虫 (正式写手)


scelab(金币+1):欢迎多来交流!:tiger06: 2010-04-29 23:52
英骏 引物合成单上写的很明白,
克隆用PAGE、HPLC,推荐使用PAGE法。
4楼2010-04-29 21:42:15
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miya173

银虫 (小有名气)

PAGE会好一些,使用与长链引物纯化,其实没有什么差别啦,一般的都可以。关键是引物设计。
5楼2010-04-30 09:15:35
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