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特异性Promoter引物该怎么设计啊
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小弟想请教各位高贤大仙一个关于Promoter引物设计的问题。 我想把在某一种细胞中特异性表达的基因的Promoter扩增出来，然后连接在适当的载体上并加上标记蛋白和荧光蛋白的表达序列，使这些目的蛋白依据Promoter的特异性表达在这种细胞中。但是小弟之前没有做过Promoter引物的设计，据说涉及到5‘UTR端的长度等问题，希望各路高人指点一二，不胜感激。 |
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tiani_tan
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2楼2012-08-23 12:26:59
3楼2012-08-23 13:07:56
tiani_tan
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【答案】应助回帖
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张虎: 金币+15, ★★★★★最佳答案 2012-08-24 09:35:55
张虎: 金币+15, ★★★★★最佳答案 2012-08-24 09:35:55
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首先，确定你的物种是否已经被报道，如果基因组已经知道的话，那么根据网上的序列设计引物，这里需要注意的是分析启动子最低片段是多少；含有顺式作用原件的区域有多长；含有增强子的序列有多少，可能最后需要获得几条大小不同的片段，需要构建几个载体，一一验证。 对于基因组未曾报道的序列，就比较复杂。就像我上文说的，需要用一些限制性内切酶将基因组酶切成小片段后，连接接头，然后利用接头上的一直序列和基因内部序列进行PCR扩增，然后测序，根据测序结果进行启动子预测，然后扩增含有不同区域的引物，验证功能。 建议还是搜集一下相关文献，我只是看过文献，实验室有人做过这方面的。但我自己没有做过。呵呵！！ |
4楼2012-08-24 09:05:24
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你好，多谢你的回答。 我在文献上查到某个基因的promoter时这么说“Reporter gene assay: [str-1::gfp] translational fusion, with 4 kb 5'UTR of str-1 and the first 4 amino acids of the protein.” 请问4kb 5'UTR of str-1 是从str-1 的5' CDS区起始密码子往前算4kb（就是包括了5'UTR ），还是从 5'UTR之前往前算4kb（就是不包括5'UTR ）？还有，那个“the first 4 amino acids of the protein”怎么解释？ 非常感谢！ |
5楼2012-08-24 10:25:49
tiani_tan
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7楼2012-08-24 12:00:25