[交流] 【求助/交流】怎样设计目的基因的引物

Originally posted by wangleisdnu at 2011-03-09 21:53:23:
you should use some soft ware like clonemanager to design, to make your interested gene primers and the internal control gene primers have the similar annealing temperature

Originally posted by nininini at 2011-03-09 21:50:36:
做定量PCR的话目的序列大概在80~150bp就好了~~可以根据NCBI的序列查找一下保守序列，通过RNA序列分析挑选无二级结构的区段进行设计就好了~引物25个左右的bp吧，别太短，引物的特异性挺关键的

Originally posted by vs570588 at 2011-03-10 10:26:19:
说真的降解现在我要处理的污染物微生物种类较多，我不是学生物出身的，搞水处理的，所以我也不知道怎样找保守序列，怎样算保守序列，我现在只能从NCBI中找到这种酶的序列，序列长度大约为1500个碱基左右。附图就 ...

Originally posted by nininini at 2011-03-10 15:12:23:
我找保守序列是用的NCBI的blast功能找到在各菌株中相似度最好的片段~~不过你的片度1500bp可以直接设计引物了~保证引物的特异性就应该可以了吧

Originally posted by vs570588 at 2011-03-10 17:11:43:
我刚看了一下，这种酶大约由927个氨基酸，转化为碱基的话就是2781个碱基。你的意思选可以合成这种酶不同的微生物，从NCBI中查到碱基，再利用BLAST来找出不同微生物碱基最相似的部分。另外，已经报道过的引物中有 ...