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根据已知序列，从相同菌种(菌株编号不同)中能PCR出目的基因吗？
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| 本人目前要构建一株产D-氨基酰化酶的工程菌，从NCBI可以查到该酶的核酸序列，相应的产酶菌株是Alcaligenes faecalis DA1，但本实验室没有该菌株，而能买到的是Alcaligenes faecalis(ATCC 8750)，它也可以产D-氨基酰化酶，不过网上没查到它的酶核酸序列。如果我按Alcaligenes faecalis DA1的酶核酸序列，设计引物，用Alcaligenes faecalis(ATCC 8750)的基因组DNA作模板，可不可以P出目的基因呢？Alcaligenes faecalis DA1中DA1是文献作者的编号。 |
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2楼2011-08-08 17:29:34
jinkui960
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5楼2011-08-09 16:59:18
送鲜花一朵
非常感谢，这样我就放心了，不过由于查到的Alcaligenes faecalis DA1 D-氨基酰化酶序列只有CDS区（只有一个报道的）， 这样设计引物就没得选择，只能是从ATG开始的一段序列，以及终止密码前的一段序列了（用软件看这两段引物得分都很低，可能不好P）。最后还想请教一下如何选择载体，比如怎么判断载体上有没有合适的启动子，我打算就用实验室的PET 30a做表达，下面附上了我查到的目的序列，非常感谢！ FEATURES Location/Qualifiers source 1..1455 /organism="Alcaligenes faecalis" /mol_type="genomic DNA" /db_xref="taxon:511" CDS 1..1455 /EC_number="3.5.1.81" /note="DaaAF" /codon_start=1 /transl_table=11 /product="D-aminoacylase" /protein_id="AAK15530.1" /db_xref="GI:13194736" /translation="MSQPDATPFDYILSGGTVIDGTNAPGRLADVGVRGDRIAAVGDLSASSARRRIDVAGKVVSPGFIDSHTHDDNYLLKHRDMTPKISQGVTTVVTGNCGISLAPLAHANPPAPLDLLDEGGSFRFARFSDYLEALRAAPPAVNAACMVGHSTLRAAVMPDLRREATADEIQAMQALADDALASGAIGISTGAFYPPAAHASTEEIIEVCRPLITHGGVYTHMRDEGEHIVQALEETFRIGRELDVPVVISHHKVMGKLNFGRSKETLALIEAAMASQDVSLDAYPYVAGSTMLKQDRVLLAGRTLITWCKPYPELSGRDLEEIAAERGKSKYDVVPELQPAGAIYFMMDEPDVQRILAFGPTMIGSDGLPHDERPHPRLWGTFPRVLGHYSRDLGLFPLETAVWKMTGLTAAKFGLAERGQVQPGYYADLVVFDPATVADSATFEHPTERAAGIHSVYVNGAAVWEDQSFTGQHAGRVLNRAGA" ORIGIN 1 atgtcccagc ccgacgccac cccgttcgac tacatacttt ccggcggcac cgtcatcgac 61 ggcacgaacg cgccaggccg gctcgccgac gtgggcgtgc ggggcgatcg gattgccgcc 121 gtcggcgacc tgagcgccag cagcgcccgc cggcgcatcg acgtggcggg aaaagtggtg 181 tctccgggct tcatcgactc gcacacgcat gacgacaact acctgctgaa acaccgcgac 241 atgacgccca agatctcgca gggcgtcacc accgtggtca cgggcaactg cggtatcagt 301 ctcgccccgc tggcgcacgc caatccgccc gcgccgctgg atctgctgga cgaaggcggc 361 tcgttccgct ttgcacgctt ctcggactac ctcgaagccc tgcgcgccgc gccgcctgcc 421 gtcaacgccg cctgcatggt gggccattcc accctgcgcg ccgccgtcat gcccgacttg 481 cggcgcgaag ccacggccga tgaaatccag gccatgcagg cgctggccga cgatgcgctg 541 gccagtggcg ccatcggcat ttccacaggc gccttctatc cgcccgccgc ccatgccagc 601 accgaggaaa tcatcgaagt ctgccgcccc ctgatcacgc atggcggcgt ctacgccacc 661 catatgcgcg atgagggcga acatatcgtc caggcgctgg aggagacctt ccgcatcggc 721 cgcgaactgg acgtgccggt cgttatctcg caccacaagg tcatgggcaa gctcaatttc 781 gggcgctcca aggaaacgct ggccttgatc gaggcggcca tggccagcca ggacgtatcg 841 ctggacgcct atccctacgt ggcgggctcc accatgctca agcaggaccg cgtcctgctt 901 gccggccgca cgcttatcac ctggtgcaag ccctatcccg aactgagcgg acgcgacctg 961 gaagaaatcg ccgccgagcg aggcaagtcc aagtacgacg tggtgcccga actgcagccc 1021 gccggcgcca tctacttcat gatggacgag cccgacgtgc agcgcatcct ggcgttcggc 1081 cccaccatga tcgggtccga tggcctgccc cacgacgagc gcccccaccc tcgcctgtgg 1141 ggaacgtttc cccgggtgct gggccactac tcgcgcgacc tgggcctgtt cccattggag 1201 accgcggtct ggaaaatgac cggcctgacc gccgccaaat tcggcctggc cgaacggggc 1261 caggtgcagc ccggctacta cgccgacctg gtggtcttcg acccggccac ggtggcggac 1321 tcggccacgt tcgagcatcc caccgagcgc gccgcgggca tccattcggt ctacgtcaac 1381 ggcgcggccg tctgggaaga ccagtcgttc actggccagc atgccggccg cgtcctcaac 1441 cgggccggag cctga |
6楼2011-08-10 15:41:40
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