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vs570588

木虫 (正式写手)


[交流] 【求助/交流】怎样设计目的基因的引物

我自己驯化的微生物,想设计一对引物,来测定微生物合成某种特殊酶的情况。这种酶的基因可以从NCBI中查到。我打算合成这种引物来做定量PCR。我是初学者,能详细给我介绍一下过程。也看到别人设计的引物,但定量PCR下来并不是很理想。
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nininini

银虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by vs570588 at 2011-03-10 17:11:43:
我刚看了一下,这种酶大约由927个氨基酸,转化为碱基的话就是2781个碱基。你的意思选可以合成这种酶不同的微生物,从NCBI中查到碱基,再利用BLAST来找出不同微生物碱基最相似的部分。另外,已经报道过的引物中有 ...

不用自己查找那些微生物,直接blast可以设置微生物范围的,具体的兼并性就不清楚了~
9楼2011-03-10 21:02:57
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nininini

银虫 (小有名气)


★ ★
最爱花诗雨(金币+2): good 2011-03-10 17:16:09
做定量PCR的话目的序列大概在80~150bp就好了~~可以根据NCBI的序列查找一下保守序列,通过RNA序列分析挑选无二级结构的区段进行设计就好了~引物25个左右的bp吧,别太短,引物的特异性挺关键的
2楼2011-03-09 21:50:36
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you should use some soft ware like clonemanager to design, to make your interested gene primers and the internal control gene primers have the similar annealing temperature
3楼2011-03-09 21:53:23
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xiaoyu1014126

木虫 (正式写手)


★ ★
最爱花诗雨(金币+2): 嗯,引物设计的软件很多,可以找一个自己喜欢的 2011-03-10 17:17:08
用PrimeExpress设计,结果可以和NCBI上的primeblast检测是否特异
4楼2011-03-10 01:19:16
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