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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】怎样设计目的基因的引物
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vs570588

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】怎样设计目的基因的引物

我自己驯化的微生物，想设计一对引物，来测定微生物合成某种特殊酶的情况。这种酶的基因可以从NCBI中查到。我打算合成这种引物来做定量PCR。我是初学者，能详细给我介绍一下过程。也看到别人设计的引物，但定量PCR下来并不是很理想。
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1楼 2011-03-09 21:04:49
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vs570588

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by nininini at 2011-03-10 15:12:23:
我找保守序列是用的NCBI的blast功能找到在各菌株中相似度最好的片段~~不过你的片度1500bp可以直接设计引物了~保证引物的特异性就应该可以了吧

我刚看了一下，这种酶大约由927个氨基酸，转化为碱基的话就是2781个碱基。你的意思选可以合成这种酶不同的微生物，从NCBI中查到碱基，再利用BLAST来找出不同微生物碱基最相似的部分。另外，已经报道过的引物中有兼并碱基，这是啥原因？
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8楼2011-03-10 17:11:43
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nininini

银虫 (小有名气)
★ ★
最爱花诗雨(金币+2): good 2011-03-10 17:16:09
做定量PCR的话目的序列大概在80~150bp就好了~~可以根据NCBI的序列查找一下保守序列，通过RNA序列分析挑选无二级结构的区段进行设计就好了~引物25个左右的bp吧，别太短，引物的特异性挺关键的
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2楼2011-03-09 21:50:36
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wangleisdnu

金虫 (正式写手)
you should use some soft ware like clonemanager to design, to make your interested gene primers and the internal control gene primers have the similar annealing temperature
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3楼2011-03-09 21:53:23
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xiaoyu1014126

木虫 (正式写手)
★ ★
最爱花诗雨(金币+2): 嗯，引物设计的软件很多，可以找一个自己喜欢的 2011-03-10 17:17:08
用PrimeExpress设计,结果可以和NCBI上的primeblast检测是否特异
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4楼2011-03-10 01:19:16
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