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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 特异性Promoter引物该怎么设计啊
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张虎

木虫 (小有名气)

[求助] 特异性Promoter引物该怎么设计啊

小弟想请教各位高贤大仙一个关于Promoter引物设计的问题。
我想把在某一种细胞中特异性表达的基因的Promoter扩增出来，然后连接在适当的载体上并加上标记蛋白和荧光蛋白的表达序列，使这些目的蛋白依据Promoter的特异性表达在这种细胞中。但是小弟之前没有做过Promoter引物的设计，据说涉及到5‘UTR端的长度等问题，希望各路高人指点一二，不胜感激。
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1楼 2012-08-23 11:49:35
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张虎

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by tiani_tan at 2012-08-23 12:26:59
启动子的扩增，模板是基因组DNA，需要将基因组DNA酶切后连上接头，以一个接头的序列为引物，目的基因内部序列为另一侧的引物，进行PCR扩增，有点类似于RACE，你可以参考一下文献，或者购买相关的试剂盒！！祝好运！

你好，多谢你的回答！我们可能没有才哟娜你说的类似RACE的方法，我们设计的质粒上已经连接有目的蛋白和荧光蛋白的表达序列了，现在只需要把特异性Promoter扩增出来，连接T载体，之后按酶切位点需要切下来并连接在载体上。我就是想知道扩增这个Promoter的引物怎么设计，请您继续指教，谢谢！
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3楼2012-08-23 13:07:56
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张虎

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by tiani_tan at 2012-08-24 09:05:24
首先，确定你的物种是否已经被报道，如果基因组已经知道的话，那么根据网上的序列设计引物，这里需要注意的是分析启动子最低片段是多少；含有顺式作用原件的区域有多长；含有增强子的序列有多少，可能最后需要获得几 ...

你好，多谢你的回答。
我在文献上查到某个基因的promoter时这么说“Reporter gene assay: [str-1::gfp] translational fusion, with 4 kb 5'UTR of str-1 and the first 4 amino acids of the protein.”  
请问4kb 5'UTR of str-1 是从str-1 的5' CDS区起始密码子往前算4kb（就是包括了5'UTR ），还是从 5'UTR之前往前算4kb（就是不包括5'UTR ）？还有，那个“the first 4 amino acids of the protein”怎么解释？
非常感谢！
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5楼2012-08-24 10:25:49
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张虎

木虫 (小有名气)
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引用回帖:
6楼: Originally posted by tiani_tan at 2012-08-24 11:51:46
5’UTR指的就是从起始密码子往上数计算的，起始密码子的第一个A为+1，然后一直到-4kb。其实5‘UTR和CDS应该是重合了一部分。所以4kb应该从起始密码子开始算，基本上这一段区域已经包括了全部的顺式作用元件和大部分 ...

多谢高人指点，希望今后还能得到你的帮助！我浙大医学院的。
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7楼2012-08-24 12:00:25
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