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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 基因测序结果比对
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beer胖

新虫 (小有名气)

[求助] 基因测序结果比对 已有2人参与

本人最近按照ncbi上blast 到的S288c菌株的一个基因设计引物，扩增了一株酿酒酵母的该基因，送样7个转化子进行测序，结果显示老是有个别基因与S288c的不一致：1.7kb的片段有12个单碱基不一致，核对了翻译的氨基酸，有四个氨基酸与S288c的不一致，而且这7个测序结果彼此也不一样。
我想问一下，这样的测序结果能不能认为与S288c的基因一致。
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1楼 2012-06-06 09:43:26
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zboter

银虫 (正式写手)
你的7个测序结果都不一样，如何判断呢？呵呵。
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beer胖
2楼2012-06-06 11:07:54
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beer胖

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by zboter at 2012-06-06 11:07:54
你的7个测序结果都不一样，如何判断呢？呵呵。

能不能算作是实验或测序过程中的误差或突变
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3楼2012-06-06 13:50:02
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yangbin1

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-06-06 13:57:19
可能是扩怎是的问题，突变引起的，用高保真酶扩增会好一些。也可能是测序的问题。可以结合测序原始峰图再仔细看一下。其实有这点突变是很正常的。
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4楼2012-06-06 13:56:05
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kernim

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-03-07 10:12:04
这样是不行的，如果偶尔的几个碱基发生了突变但是没有导致氨基酸序列的改变的话还是可以的，但是如果碱基改变的太多以致氨基酸序列已经改变了的话载体构建算是不成功的，需要重新构建，用kod的酶保证性好。
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5楼2014-03-06 21:06:26
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落英似雪

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-03-07 10:12:20
测序出现个别碱基不同是很正常的，有三种可能：1、PCR扩增过程中出现错误，你的片段1.7kb如果用普通taq酶出现几个错配很有可能。2、测序过程中的，具体可以看看峰图，有可能信号不强烈造成判断失误。3、那就是真的出现突变。

对于第二种情况，我在扩增一个小鼠的基因时也遇到过，不知道你这个菌是不是真菌，如果是的话，那就是内含子切除的时候发生可变剪接，多了12个碱基，但是不影响后面氨基酸的序列，功能上应该不会有太大的变化。
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好好做实验~
6楼2014-03-07 10:05:17
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