24小时热门版块排行榜    

查看: 8171  |  回复: 7

落絮无声

新虫 (小有名气)

[求助] 公司返回DNA双向测序结果要怎么分析 已有3人参与

选用的两种引物是F-357和R-518,测序结果分别是:
F357方向是:
ACCGTATCATGGGGGCACCCTGATGGAGCACGCCGCGTGCAGGATGAAGGCCTTCGGGTTGTAAACTGCTTTTATTTGTGAGGAATATGACGGTAACAAATGAATAAGGGTCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATA
R518方向是:
GTGGACGACTTATTCTTTGTTACCGTCATATTCCTCACAAATAAAAGCAGTTTACAACCCGAAGGCCTTCATCCTGCACGCGGCGTTGCTCCATCAGGGTTGCCCCCATTGTGGAAGATTCCTCACTGCTGCCTCCCGTAGGATTA
请问用DNAMAN该如何分析,我是新手,请各位高手详细给讲一下,谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
落絮无声(kx444555代发): 金币+3, 鼓励交流 2014-02-21 09:57:20
你确定这是双向测序后的全部序列?还是你自己过滤后的
请告知你的序列是如何获得的,模板序列是否已知等基本序列信息,好可进一步帮你分析
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
2楼2014-01-13 16:53:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

落絮无声

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gyesang at 2014-01-13 16:53:36
你确定这是双向测序后的全部序列?还是你自己过滤后的
请告知你的序列是如何获得的,模板序列是否已知等基本序列信息,好可进一步帮你分析

对,这就是双向测序的结果,是测序公司直接反馈的结果,我没有过滤,我的长度大约在200bp左右
3楼2014-01-13 16:59:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
落絮无声(kx444555代发): 金币+3, 鼓励交流 2014-02-21 09:57:28
引用回帖:
3楼: Originally posted by 落絮无声 at 2014-01-13 16:59:08
对,这就是双向测序的结果,是测序公司直接反馈的结果,我没有过滤,我的长度大约在200bp左右...

将正反向的测序结果进行比对:
CLUSTAL 2.1 multiple sequence alignment


1               -----------------ACCGT-----ATC-------ATGGGGGCA-CCCTGATGGAGCA 30
2               TAATCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATCTTCCACAATGGGGGCAACCCTGATGGAGCA 60
                                  * **     ***       ********* *************

1               -CGCCGCGTGCAGGATGAAGGCCTTCGGGTTGTAAACTGCTTTTATTTGTGAGGAATATG 89
2               ACGCCGCGTGCAGGATGAAGGCCTTCGGGTTGTAAACTGCTTTTATTTGTGAGGAATATG 120
                 ***********************************************************

1               ACGGTAACAAATGAATAAGGGTCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATA 143
2               ACGGTAACAAA-GAATAA--GTCGTCCAC------------------------- 146
                *********** ******  **** * *                                                
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
4楼2014-01-13 17:07:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

落絮无声

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by gyesang at 2014-01-13 17:07:53
将正反向的测序结果进行比对:
CLUSTAL 2.1 multiple sequence alignment


1               -----------------ACCGT-----ATC-------ATGGGGGCA-CCCTGATGGAGCA 30
2               TAATCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGG ...

我想问一下,DNA端部怎么没有引物的序列呢,还有前40个峰效果不好,是不是应该舍弃,怎么样才能测通,我最后是不是应该拿测通后的结果去基因库比对呢
5楼2014-01-13 17:16:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2014-01-13 20:48:00
落絮无声: 金币+5, ★有帮助 2014-01-14 08:56:39
这么短的序列建议你连一下T载体,一个反应就测全了。还保存了片段。测序也避免了前端序列不好。
hehe
6楼2014-01-13 20:25:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
落絮无声: 金币+15, ★有帮助 2014-01-14 08:57:25
落絮无声(kx444555代发): 金币+2, 鼓励交流 2014-02-21 09:57:37
引用回帖:
5楼: Originally posted by 落絮无声 at 2014-01-13 17:16:02
我想问一下,DNA端部怎么没有引物的序列呢,还有前40个峰效果不好,是不是应该舍弃,怎么样才能测通,我最后是不是应该拿测通后的结果去基因库比对呢...

你是PCR产物然后用你PCR时的引物测序的么?这样的话,是正常的,一般测序前50-100个碱基的信号比较乱,测不出,楼上说的是对的,将产物克隆进T载体后再进行测序
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
7楼2014-01-13 20:47:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

中丘子

捐助贵宾 (小有名气)


【答案】应助回帖

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-02-21 09:57:41
同意楼上的意见,将产物克隆进T载体后再进行测序,这样就会好很多了
8楼2014-02-21 08:55:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 落絮无声 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 师弟论文见刊大半年才想起来申请专利,还能抢救一下吗? +5 13108017953 2026-09-21 5/250 2026-09-27 16:46 by Leogzhya
[教师之家] 某top大学教授说“能够在市场中兑现的能力才是真能力”无比同意! +3 zju2000 2026-09-26 3/150 2026-09-27 16:26 by lala1008
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 ViqFlLSxHDGt 2026-09-26 3/150 2026-09-27 10:26 by 4IW0sJvtEqX8
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 ViqFlLSxHDGt 2026-09-26 3/150 2026-09-27 10:21 by 4IW0sJvtEqX8
[考博] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ViqFlLSxHDGt 2026-09-26 3/150 2026-09-27 10:03 by 4IW0sJvtEqX8
[公派出国] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 GxESXJmptOtQ 2026-09-25 4/200 2026-09-27 06:44 by XgCC8uTcwILl
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 GxESXJmptOtQ 2026-09-25 4/200 2026-09-27 06:42 by XgCC8uTcwILl
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 GxESXJmptOtQ 2026-09-25 4/200 2026-09-27 06:39 by XgCC8uTcwILl
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 GxESXJmptOtQ 2026-09-25 3/150 2026-09-27 06:32 by XgCC8uTcwILl
[找工作] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 3/150 2026-09-27 06:08 by XgCC8uTcwILl
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 3/150 2026-09-27 06:05 by XgCC8uTcwILl
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 3/150 2026-09-27 05:56 by XgCC8uTcwILl
[论文投稿] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 4/200 2026-09-27 05:56 by XgCC8uTcwILl
[找工作] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 5/250 2026-09-27 05:53 by XgCC8uTcwILl
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 5/250 2026-09-27 05:44 by XgCC8uTcwILl
[公派出国] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 4/200 2026-09-27 05:44 by XgCC8uTcwILl
[考博] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 3/150 2026-09-27 05:44 by XgCC8uTcwILl
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 PGTSwSC3F6nQ 2026-09-24 5/250 2026-09-25 11:19 by yhq9807
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 PGTSwSC3F6nQ 2026-09-24 7/350 2026-09-25 11:18 by yhq9807
[教师之家] 课题组招2027级博士 上海工程技术大学 激光智能制造方向 +4 oxidpl 2026-09-20 6/300 2026-09-24 20:37 by oxidpl
信息提示
请填处理意见