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落絮无声

新虫 (小有名气)

[求助] 公司返回DNA双向测序结果要怎么分析 已有3人参与

选用的两种引物是F-357和R-518,测序结果分别是:
F357方向是:
ACCGTATCATGGGGGCACCCTGATGGAGCACGCCGCGTGCAGGATGAAGGCCTTCGGGTTGTAAACTGCTTTTATTTGTGAGGAATATGACGGTAACAAATGAATAAGGGTCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATA
R518方向是:
GTGGACGACTTATTCTTTGTTACCGTCATATTCCTCACAAATAAAAGCAGTTTACAACCCGAAGGCCTTCATCCTGCACGCGGCGTTGCTCCATCAGGGTTGCCCCCATTGTGGAAGATTCCTCACTGCTGCCTCCCGTAGGATTA
请问用DNAMAN该如何分析,我是新手,请各位高手详细给讲一下,谢谢
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gyesang

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落絮无声(kx444555代发): 金币+3, 鼓励交流 2014-02-21 09:57:20
你确定这是双向测序后的全部序列?还是你自己过滤后的
请告知你的序列是如何获得的,模板序列是否已知等基本序列信息,好可进一步帮你分析
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
2楼2014-01-13 16:53:36
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落絮无声

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gyesang at 2014-01-13 16:53:36
你确定这是双向测序后的全部序列?还是你自己过滤后的
请告知你的序列是如何获得的,模板序列是否已知等基本序列信息,好可进一步帮你分析

对,这就是双向测序的结果,是测序公司直接反馈的结果,我没有过滤,我的长度大约在200bp左右
3楼2014-01-13 16:59:08
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gyesang

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落絮无声(kx444555代发): 金币+3, 鼓励交流 2014-02-21 09:57:28
引用回帖:
3楼: Originally posted by 落絮无声 at 2014-01-13 16:59:08
对,这就是双向测序的结果,是测序公司直接反馈的结果,我没有过滤,我的长度大约在200bp左右...

将正反向的测序结果进行比对:
CLUSTAL 2.1 multiple sequence alignment


1               -----------------ACCGT-----ATC-------ATGGGGGCA-CCCTGATGGAGCA 30
2               TAATCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATCTTCCACAATGGGGGCAACCCTGATGGAGCA 60
                                  * **     ***       ********* *************

1               -CGCCGCGTGCAGGATGAAGGCCTTCGGGTTGTAAACTGCTTTTATTTGTGAGGAATATG 89
2               ACGCCGCGTGCAGGATGAAGGCCTTCGGGTTGTAAACTGCTTTTATTTGTGAGGAATATG 120
                 ***********************************************************

1               ACGGTAACAAATGAATAAGGGTCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATA 143
2               ACGGTAACAAA-GAATAA--GTCGTCCAC------------------------- 146
                *********** ******  **** * *                                                
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4楼2014-01-13 17:07:53
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落絮无声

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by gyesang at 2014-01-13 17:07:53
将正反向的测序结果进行比对:
CLUSTAL 2.1 multiple sequence alignment


1               -----------------ACCGT-----ATC-------ATGGGGGCA-CCCTGATGGAGCA 30
2               TAATCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGG ...

我想问一下,DNA端部怎么没有引物的序列呢,还有前40个峰效果不好,是不是应该舍弃,怎么样才能测通,我最后是不是应该拿测通后的结果去基因库比对呢
5楼2014-01-13 17:16:02
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

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gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2014-01-13 20:48:00
落絮无声: 金币+5, 有帮助 2014-01-14 08:56:39
这么短的序列建议你连一下T载体,一个反应就测全了。还保存了片段。测序也避免了前端序列不好。
hehe
6楼2014-01-13 20:25:21
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gyesang

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落絮无声: 金币+15, 有帮助 2014-01-14 08:57:25
落絮无声(kx444555代发): 金币+2, 鼓励交流 2014-02-21 09:57:37
引用回帖:
5楼: Originally posted by 落絮无声 at 2014-01-13 17:16:02
我想问一下,DNA端部怎么没有引物的序列呢,还有前40个峰效果不好,是不是应该舍弃,怎么样才能测通,我最后是不是应该拿测通后的结果去基因库比对呢...

你是PCR产物然后用你PCR时的引物测序的么?这样的话,是正常的,一般测序前50-100个碱基的信号比较乱,测不出,楼上说的是对的,将产物克隆进T载体后再进行测序
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7楼2014-01-13 20:47:54
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中丘子

捐助贵宾 (小有名气)


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kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-02-21 09:57:41
同意楼上的意见,将产物克隆进T载体后再进行测序,这样就会好很多了
8楼2014-02-21 08:55:53
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