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只是因为

铜虫 (初入文坛)

[求助] PCR测序结果分析

求教PCR测序图的分析，上周PCR测序结果已经反馈回来了，我是刚接触这方面的实验，请教各位测序图都需要怎么分析？如何判断杂合或纯合的问题？
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最黑暗的日子往往预示着黎明
1楼 2012-10-15 09:19:21
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
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小丹木木: 金币+1, 鼓励交流问题 2012-10-16 13:42:05
你的片段长度是多少，做了几个引物的反应，需不需要序列拼接？你需要把测序结果和原序列比较。峰图用彩图显示碱基顺序和质量。不清楚你说的纯合杂合问题。
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2楼2012-10-15 14:02:01
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xw19880905

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用DNAMAN序列比对呀，就知道你的序列和比对的序列的差异了
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3楼2012-10-15 15:24:11
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只是因为

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2012-10-15 14:02:01
你的片段长度是多少，做了几个引物的反应，需不需要序列拼接？你需要把测序结果和原序列比较。峰图用彩图显示碱基顺序和质量。不清楚你说的纯合杂合问题。

片段是427bp，只用正向引物测了，我要分析的是TATA重复序列的重复次数，6次为野生，7次为突变，可是怎么判断哪种是6/7杂合呢？从测序图上能看出来吗？
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最黑暗的日子往往预示着黎明
4楼2012-10-15 17:23:07
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只是因为

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xw19880905 at 2012-10-15 15:24:11
用DNAMAN序列比对呀，就知道你的序列和比对的序列的差异了

DNAMAN能分析是纯合或杂合吗？
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最黑暗的日子往往预示着黎明
5楼2012-10-15 17:24:12
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只是因为

铜虫 (初入文坛)
第一个图为TA重复6次，第二个为7次，如何判断杂合/纯合的问题呢？

20121015172547.jpg



20121015172840.jpg
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最黑暗的日子往往预示着黎明
6楼2012-10-15 17:29:25
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iriskye

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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看重叠的峰就是咯，下面那张图看起来就是杂合嘛，最后一个T那里同时还有一个A的峰。当然你需要确定这个A不是杂峰。最好两方向都测一下双保险。
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7楼2012-10-16 02:35:39
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只是因为

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by iriskye at 2012-10-16 02:35:39
看重叠的峰就是咯，下面那张图看起来就是杂合嘛，最后一个T那里同时还有一个A的峰。当然你需要确定这个A不是杂峰。最好两方向都测一下双保险。

怎么判断是否是杂峰呢？我有70多个样品，如果全部双向测的话，费用有点多，所以现在想能否直接从这个图中判断呢？
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最黑暗的日子往往预示着黎明
8楼2012-10-16 15:03:10
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iriskye

银虫 (小有名气)

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如果整体峰都比较干净，是杂峰的可能性就比较小，但是也不排除测序机器突然抽风或者有的地方序列变态不好测，所以才要双向测嘛， 两边测过来都有，杂峰的可能性就更小了。

而且，如果是杂合，那么最后一个TA之后应该就都是重叠的双峰了啊，因为移码了啊。
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9楼2012-10-16 22:47:02
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